mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GAGCTCCTATCATTCCAATGA TGATGCTTGGATTCGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGCCCTTTTCATGGGTGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTATCTGTGTATGTACTCTAGAGGGCCGGAGAAGAGATTCATGTGGTCGTCAGTCTTTGAGATAGGCTTGTGATTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGTCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGATCCATCCAT AACCCATGAACAGCAAAGGGCGAATAGTCTAGTCCAGTTCCCTCCCCCAGATTCCCCTTTTCATAGCTCTCCTTCTCGTCGTTTTTCTATTCCAGTTCTGCTGGCTTTTTTTTTTCTATATTTCTATTTCTGCTATTGTTATTTGCTTCCCTATCTATTCTATCCATTAGTTTATGGACTTCTGCGGATAGATCTCATGGTTTGTTTTGCTTCTTTCTTGCGTTTCTTGGGCCATATATCTGCCTGATGCTTGGATTCGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGCCCTTTTCATGGGTGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTATCTGTGTATGTACTCTAGAGGGCCGGAGAAGAGATTCATGTGGTCGTCAGTCTTTGAGATAGGCTTGTGATTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGTCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGATCCATCCATTCCATCCCCCCATGCTTGCTTTGTTTATTGGCTGTTCCTGAGTGAGATCTGAGGCTCATGGCTGTATGTAGCCATGGATTTTTTTTCCCTTTCTCCTAGCTGCTTTGCTGCTGCCCTCATCCTCATGCCCTGGATGGTGTGGTATCGGTACCCCGTACTTGCGTCGCT 3 0 3' arm Sorghum_bicolor mirnest MIR159 1e-126 sbi-MIR159 3e-117 -88 ..(((..((((((.((.(((((((((((.(((.(((((.((..((((.....((.(((((((...(((.((((.(((((.....(((...(((((((((...((..((((.((....))..)))).(((((..(((....)))...)))))..)).....)))))))))...))).....))))).)))).)))...)))).)))..))..))))..)).))))).))).))))))))))).))..))))))..))) (-88)