mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACTCCCTCCGTTCCAATTT TTTGGGACAGAGGGTGGTAATA CCCTTCTATCCTGTTTAGTGTTTACTCCCTCCGTTCCAATTTATAAGTTGTTTTGGCATTTCTACATACATAGCTTTTATTATGTATCTAGACATATAGTATACCTAGGTGCATAGCAAAAGCTATATACCTAGAAAAGTCAAAATGACCTATAATTTGGGACAGAGGGTGGTAATATCTATATAATCAACAGCT GCACGAGGCTTTAATTTTAGGCCTGCACAATTTTGGCCCCTTCTATCCTGTTTAGTGTTTACTCCCTCCGTTCCAATTTATAAGTTGTTTTGGCATTTCTACATACATAGCTTTTATTATGTATCTAGACATATAGTATACCTAGGTGCATAGCAAAAGCTATATACCTAGAAAAGTCAAAATGACCTATAATTTGGGACAGAGGGTGGTAATATCTATATAATCAACAGCTACATATTAGACAGTTCTATTCTATTGCATTCATGTGTGTGTGCAACTGTGCATACTACTTTTGGAAGTTTGCAGAGCCTAGCCTCTTATATATGTCCCTTTATATCATAGCAAACGTGTAAAATCATGATGTACATGTTGCTGCCTCTGTACAATATTATTTTCAATTGATACTTCTAGGATCATCCATCAGGATTCAAATATGTTAATCAGATTTTAGAAACAAGGTTTTTTAAAAGCTGTGGGGGGGAAATGGGCTATCCGCCAACATAGTAGAGACAGTTGTCCAATAAGATGATGAGATCTTGCAACATTGTTTTCGGCATTCTCTTCTCTGTGCTTATGAATATATATGTTTGGTAGTTCTATAATTCAAACTTAGCATGTAATTGTGTATGGACTACTTTGA 2 1 5' arm Sorghum_bicolor mirnest MIR1122 2e-16 100 -65.1 ..........((((((((...((((((((((.(((((((.(((((.(((((((((((.((((((..((.(((((((((.((((((((((((.............)))))))))))).))))))))).))..)))))).))))))))))).))))).))))))).))))).)))))...))).......))))).. (-65.1)