mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTAGGCTTAAAAGATTCGTCT ACAAATTTATTAAGCATAATT TTTTTAGAACTAATAAAAAAACAAATTACATAGCTCGTTAGAAAACTGCAAGACAAATTTATTAAGCATAATTAATCTGTCATTAGCATATTTGGATTAGGCTAATCATGGAGTAACTAGGCTTAAAAGATTCGTCTCGTGATTCTCAACTAAACTGTGTAATTAGTTTATTTTTTATCTACATTT ATGCATCATCCCCGGCGCAAAAAGGTCGCCCACACCTCTCACCATCTGGCGCGACGCCATCCACTTCGTGGCAACGCACAACAGCGCAAGAGACAGGGGCGGCGGCATTGCCCTCACGTACACCGGCCGGCGGCGAGGTGGAGCTCCTCGTCTTCCCGGTCTTCTCCTTTCCCCTCCCCAATATCCCGTAGGCGGCGTGCGGGTGCAGGATGGAGCTCTCCGGTACGGGATATGATGGGTACAGATTCCACAAGGATTTTGAAGCATTTTTTTCACCACCAGTTTCAGATCGGATCAGAGATTATATATTGTGCTCCATTTATTACTCGACGAACTGTTGTAGTAAGGTACTAGAATACTACTAATTTGCTGATTCTAAACCACACGATTTCTTTGCTTTCAGGTGTGCTCTAAGAATTTTAGTATCAATTGGTACTTTTAGGACCTGTTTAGATTGGGGATGAAAATTTTTTGGGTGTCACATTCGAATGTGTCGAAAGGATGTCGGAAGGGTTTTTTTTAGAACTAATAAAAAAACAAATTACATAGCTCGTTAGAAAACTGCAAGACAAATTTATTAAGCATAATTAATCTGTCATTAGCATATTTGGATTAGGCTAATCATGGAGTAACTAGGCTTAAAAGATTCGTCTCGTGATTCTCAACTAAACTGTGTAATTAGTTTATTTTTTATCTACATTTAATGTTCCATGTGTCCAAAGATTCGATGGTATGGATGAAAAATTTTTGGGTGGGGAACTAAAGTATCACTAGATACATGATCTGTACAGTATAGAAGATCCGTTTACGCATTTCAGCAGTCCTGTACGGATGTGTATGTATATGTACTCATGCTCCTGTTTTTCAATGACACGTACTGAC 4 0 3' arm Sorghum_bicolor mirnest 100 osa-MIR2124a 0.000000000003 -45.7 ....((((..(((.(((.((((.((((((((((...(((.((.((.(((.((((.(((((.((((((.((.(((.(((((.((((((.............)))))).))))).))).)).)))))).))))).)))).))).)).)))))....)))))))))).)))).))).)))))))..... (-45.7)