mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTGGCTTTCTTGCAAGTTG ACTTGCAAGAAAGTCACAAAA GGTGGCACCAAGCATGAGGCAGGAACTGCATTACTTGCAAGAAAGTCACAAAATCAATTGCAGACCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTC ACATCAGCACCCGCTCACAGGTCACAGCCCCTTGCTCATTGGATGAATGGATGGGGGGCCGGCGGATGGAAATCGCGAGAGGATGCGAAGACATTGCCGTATTGCATATGGTGGCACCAAGCATGAGGCAGGAACTGCATTACTTGCAAGAAAGTCACAAAATCAATTGCAGACCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAGCTATTAGTAAAACAGGAAGTACCGTCAGTTTATGAGCTACAAAATATAAGCGTAGAAAAATAATTTAGAAATGTAAGCATAATATACTAGTACATTGCTAAAGATAAATCAATACTCAATAACTTCCACATGCTTTGGATTTAAATACAAGTACATTGCTAAAGATAAATCAATAACTCAATAACTTCCACATGCTTTGAATTTTGGGTAACATACTAGCACATTGCTAAAGAAGTAAAGATAAATCAATACTCATTCCACATGCTTTGGATTCTGGTTAACATACTAGTACATTGCTAAAAGATAAATCAATACTCAATAACTTCCACATGTCAATGATATCTTTTGCAGATTAACAAGATTCAATCNTTTGCTGGGGTAGTCTACAGCAAATGCATTGGTTCTCTTTATTGATAGCTAACACGTCTT 1 0 3' arm Sorghum_bicolor mirnest MIR444 3e-39 ssp-MIR444b 3e-48 -66.2 ...((((.(((((.((((((((.((((((((.(((((((((((((((((((...................))))))))))))))))))).)))))))).)))))))).))))).)))).. (-66.2)