mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT ACAGGGACGATGCAGAGCATG GTATAAACACAAACACAGATAAAGATGGTGGGTTTGATTGGAGACAGGGACGATGCAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAACAAAATTTCCAATTTCCGTTTGCTTGCCCACAAAATGGAGGGACTTGTCAGGAGAGGTATCAAGCAGAGAGAAGGTGCCTCCCTGGTGAAATGGTGATGGCCTGAGAGAGCTCAGCTGGTGTCCTGGTGTTGTTGCTTCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCCACCGTCGACCTTGCCCATCATCATCATCATCTCTGT GCACGAGGGTAGTTTGGCAATGGCAGCGGCCACAAGGTTTCCAGGTTTGGTATAAACACAAACACAGATAAAGATGGTGGGTTTGATTGGAGACAGGGACGATGCAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAACAAAATTTCCAATTTCCGTTTGCTTGCCCACAAAATGGAGGGACTTGTCAGGAGAGGTATCAAGCAGAGAGAAGGTGCCTCCCTGGTGAAATGGTGATGGCCTGAGAGAGCTCAGCTGGTGTCCTGGTGTTGTTGCTTCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCCACCGTCGACCTTGCCCATCATCATCATCATCTCTGTCTCTCTCTCGTTATGCTTTTGTGTGTTTTTGCCTGCATTCTTTTCTCAGTAGCAATATTACTTTCAGTTGTCTTTGCAATAGTTCTAACAAACACTGCAGTGCATGTCTGCAGCACATTC 4 0 3' arm Sorghum_bicolor mirnest MIR408 0.00000000000002 sbi-MIR408 2e-109 -93 ............(((.((((...(((((((((((((((.((((.((((((.((.((((.(((.((((..(((((((((....((.....(((...((((((((...........))))))))))).((((((((.((((((((............))))))))))))))))..)).)))))))))..(.((((.((((.((...))....))))..)))).))))).))).)))).)).)))))).)))).....)))))....))))))))))......)))).))) (-93)