mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGTCCACATGTCAGTGACCA GTCACCGACAGGTAGGCCCCG CGTTATTGCACACCATGGCATGGTCACCGACAGGTAGGCCCCGGTGTTCATGGGTCCACATGTCAGTGACCAAGTCATGGGGAGTTTGCAT AAGGGTGCTGGGCATATTGCTCCAGAGTACATGCCAAGGCAATGCCTTGCTATGCTTTCAAGGTGGCTTGCTGGTCTTCCCCTTTGACTGCTGCATCGCGTTCGAATTGCATTGCAAAATAATTCCAAAGAACCTTTGTAAGGGTTTTGTGTCCTAAAGAAATATAAATTCTGTATAAACATGTGTTGGGGAAGCAGTTCCCCTGACGTTATTGCACACCATGGCATGGTCACCGACAGGTAGGCCCCGGTGTTCATGGGTCCACATGTCAGTGACCAAGTCATGGGGAGTTTGCATCAGAGGATCCTCGTCCGCATTCAAACAATCGGTGGCACTAGCCTTTTCTTTAAAAAAAAA 3 0 3' arm Sorghum_bicolor mirnest 100 100 -38.1 ......((((..(((((((.(((((((.((((.((.(((((..........))))).)).)))).))))))).)))))))......)))). (-38.1)