mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTCGGTTCGGTTCGGTTCGG GGATCCCAGCCCAGCCCGGCCC CGTCCAGTACCAGTAGTAGCACGTACGTACCTGATTGATTGATTGATTGATTGGATCCCAGCCCAGCCCGGCCCAGCCCGCAATTGGAGTGGAATCCGGCTCGGTTCGGTTCGGTTCGGTCATCATCATCACTACGTACGTACTATACGCTACTACCACTAGACGACT CACGGCGTTCGGCAGGCTGGCCAAGCCCGGCCTCAACGACAAGCTCCGCCACTCCGGCATCATCGACATCGAGTTCACCAGGGTGCCGTGCGAGTTCCCTGGGCTGAAGATCGGTTTCCACGTGGAGGAGTACTCGAACCCCGTCTACTTCGCGGTGCTGGTGGAGTACGAGGACGGCGACGGCGACGTGGTGCAGGTGGACCTGATGGAGTCCAAGACGGCGCACGGGCCCCCGACGGGGCGGTGGACGCCCATGCGCGAGTCCTGGGGATCCATCTGGCGGATGGACACCAACCACCGCATGCAGCCGCCCTTCTCCATCCGCATCCGCAACGAGTCCGGCAAGACGCTCGTCGCCAGAAACGTCATCCCGGCCAACTGGAGGCCCAACACTTTCTACCGCTCCTTCGTCCAGTACCAGTAGTAGCACGTACGTACCTGATTGATTGATTGATTGATTGGATCCCAGCCCAGCCCGGCCCAGCCCGCAATTGGAGTGGAATCCGGCTCGGTTCGGTTCGGTTCGGTCATCATCATCACTACGTACGTACTATACGCTACTACCACTAGACGACTACTACTGCTACCAAGTACGGCGAAACGGAACGGCTAGTCGTTGTGTCTCTGGTCATCGTGTCGTTGCAGTTGTATCATGGTCCTTGGAGTGAGTCGTTGCATGCATTGGGGGCGCGCTTTTAGGTCAGGCGTCATGTGCGAGTGTTTGTGGGTCTGTAAGGCTGGCATGTGCATGGTGCGTGACCCTAATTGCAAAAAAAAAGAGAGAGAGAACTAAGCCGTGTGGGAAAATGGAGGAGGCAGGCGTACAAGGTACGCTCTCCCGCCCACTATTGCTTTATAATTTATATCATCATCATCTTCTTCTTAAATCCGATCGATCGGTGATTAATCGAAAAGTATATTGTA 3 1 3' arm Sorghum_bicolor mirnest 100 tgu-mir-2974 0.000008 -55.5 ((((.(((....((((((((..((((((((.((..((((.(((.(((.(((((((.((.((((.((((.((((....((((.......)))).....)))).)))).)))).))))))))))))))))))).)).)))))))).....)))))))).))).))))... (-55.5)