mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGTGTGTGGATGTGCGTG CTAACGTCCGCGCCTGGGTTC ACACATGGAGTAAAAGAGAGATTTTGTGTGTGGATGTGCGTGGTTGTGCACGAGAAATAAGCACTACTTTGAATAAAAGGAAGTCTGCGCACTGTCACGACACTGCTGCTAACGTCCGCGCCTGGGTTCTACTACTCTAATTGATTG TTTTTTTTTTTGTGTCTTTGCTGATGTAGTTTCCAAAATTTAAGAGAATTAAATATAGAGGTTATACGTAAAGGATGGACTAAGTTTGTTTTAAAATACAAGAGATTGCACAACGGTCTTCCAATCTTAAGCACAATGTTACGTGTGTGTGGTTCCTCTGAATAAGTTCCCCCTCTGGAGTATTTTTGGGGGGTTTGGTTAGGATAACATTTTGTCAGGTCGTCAATCCGAGCGTCGTCGTCGACGTAAATATAAACACATGGAGTAAAAGAGAGATTTTGTGTGTGGATGTGCGTGGTTGTGCACGAGAAATAAGCACTACTTTGAATAAAAGGAAGTCTGCGCACTGTCACGACACTGCTGCTAACGTCCGCGCCTGGGTTCTACTACTCTAATTGATTGTGGGGCGCTCAACTTTGTGTAATTAAACTAATCTAGCTATGCTTGCTTGCACCGACAGCAACGGAATTTC 5 0 5' arm Culex_quinquefasciatus mirnest 100 100 -38.2 .....(((((((....((((...(((.((((((((((..(((((.(((..((.((.....(((..(((((.........))))).)))......)).)).))).)))))..)))))))))).))).))))..)))))))........ (-38.2)