mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTGTGTGTGTTTGTCCAT CGACATTACACGCACGCCATT TAAACGATCAAGCGACATTACACGCACGCCATTTTCGTTTCCCTCCCCAGCTTTGTCCCTTTCTAACTCTCTCTTCCGCGCTGTTCAAATGATAAATTATAGCCGGTTTTTAACAGATCATATCAACAAGGAAACCCAACAGTTTTTTTTGTTTGTGTGTGTGTGTTTGTCCATATCCTCCCC TTTTCTTCTCTGGGAGAGGTCTTTATATACGACATACGAAAGTATAAAATAAACGATCAAGCGACATTACACGCACGCCATTTTCGTTTCCCTCCCCAGCTTTGTCCCTTTCTAACTCTCTCTTCCGCGCTGTTCAAATGATAAATTATAGCCGGTTTTTAACAGATCATATCAACAAGGAAACCCAACAGTTTTTTTTGTTTGTGTGTGTGTGTTTGTCCATATCCTCCCCTGGGACCTTTTGTTTTGTTCGACTTCTTAATTGGCGTGCTACATACATTTTTGTGTTGTACGCTCCCAAATCTATATTTGGTTTAAACTACCATTCTTATTAGACATAAATACGATTTTATAATGGGCAGAAAGATGCAAGTTTGGGTCCGCGGTCCTTGTGATACGCTATCAGAGATGTATTGCTGATGTTTTCATCTTCCTAACCACTTGTTATGCAGTGAAAAGGTTGGAAGGTATACGCATTTGGGACTACCAAAGACCCGAGGACCGTCCTAAAATTCGGGGTTTTTTTAGGAACAAATATCTTTACATATGCGGTGCCATTGCATAAAAGAAAAAAGTCACAAAGATAGGGGTCAAGCGAGACCCACTTTACAGCATAGGTGTCACAAACTGAGAATCTATCCAATATCCGAGAGTAGGTATTCACGACGCCCAGAGACCTATCCTATTAAACGCGCGCGCCTCGTGGACGTCCCCGCTCGCACCCGTGTATGGC 4 2 3' arm Culex_quinquefasciatus mirnest 100 100 -29.1 .............((((..((((((((((((.....((((((..........((((.....(((...........(((.(((((...(((.....)))))))))))........)))........))))))))))..(((((......))))))).)))))))))).))))............ (-29.1)