mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAGTTGTAATATCTTGTGTT CACAACTGTTATATTATTACC TAAAAAACAGTTAAGTTGTAATATCTTGTGTTATGATGTTGTTATAGGAATCAATGCACAACTGTTATATTATTACCTAAATTTA TTTTTTTTTTTTTTTTGTAGTTTGAACATGGTAGTGGTGACACTGCTGGTTATTCTGTATTATTTACTTTGAATTAACTGATCTTATTCGGGTAATGTAAGCTATAAAAAACAGTTAAGTTGTAATATCTTGTGTTATGATGTTGTTATAGGAATCAATGCACAACTGTTATATTATTACCTAAATTTAAGTTTGAAGACATTTACACAATTTTTGACACTTATTTACCGCTGCGAGCAGTCAAGTTTGCTTTCTTATAAAGGAGATATGAAACATTACTATCACAATAAACTTGTGCGACCCGGTGATGGCACGAGAATTTTATGAAACCGAACCTTAACACCTACGTATAGAGTTTGCGCTTTTTGTTGATTAGGGATGCCGCTAATTGACTCAAATGGATCATGATCGTGATGGCTTAGGTTATGTTTTGGGTTTGTTTTGTAAACACATGGAAGCGTTAGACATGAAACATAATGGCGAATCCCAACAAGGTGGGTAGCAACATAAACGCGAATCTTAACTATTAACAACCAATGT 4 2 5' arm Culex_quinquefasciatus mirnest 100 100 -13.4 ........((.(((..(((((((..((((((..((((.((......)).))))..)))))).)))))))...))).))....... (-13.4)