mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCACCATTCGAAATCAGTAC ACTGGCTTCCAAAGGTGAGTAGA AACTCAAAATCTCAGCAAGTACTGGCTTCCAAAGGTGAGTAGATGGCATTCGATATCGCTCTAGCACCATTCGAAATCAGTACCTGGTGGATTAGTCCTG TTTTTTTTTTTTTTTTTCTCTCTTAAAGGAAGTGTGCTATCACAAAAATATTTATTACGTTTTCATGGAGAAAATTTACACTTGTCACGATACGTACTCTGCCAACGCAACTGATGGTACACTTTTGATATAGTTGCGAGCTAGTGTTTGTGTAATTGAATGAAAACTAGTGTTGTTTTTTTTTTTGATTTTTTACTCACTTTTAGTTAATAGGTATTGTTTTCAGCTCTTCTTTAAAACTTATCACTAATATTATTCGATGATATAATAATATAAAAAAGGAAAATTAAAATATCAGAGACACTATATAAAAAACGCCCTCCTCGCACGAGGATAGTTACTCCCCTTAGTCTCAACGACGCTCTATAAGTAAGCCCATTTGGAGTAAAAAAATCTGTATACAAAAAAGTAAAAGAGTAATTGCAATATTTACGGAAATTTTTGATTTTCTCGGTTTTTTTCCTAACGTTAAGTTTGCACAGTGTAAAGTGAGAGTGTTTAAATAAAGAAGGAAGAAATAATAAATTGCAACTCAAAATCTCAGCAAGTACTGGCTTCCAAAGGTGAGTAGATGGCATTCGATATCGCTCTAGCACCATTCGAAATCAGTACCTGGTGGATTAGTCCTGGTTGCACGACGCGGCATGCTGGATTCGAACAAAAAGGGCAAACGGTCTACTTGGATCAAATAGGGTAGGTTGCGTTTGAAAATAATTTCGAGATACATTGTAAGATTGCGATCTTTTATAACTATCCAAATAGGTGTTTTATT 4 1 3' arm Culex_quinquefasciatus mirnest 100 cqu-mir-285 3e-32 -25.2 .......((((.((.((.(((((((.(((.((.((((..((((..((..........)))))).)))).)).))).))))))).)).))))))....... (-25.2)