mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGAGTTTATGTTTTTTTTTA AAAAGTTGTATTTTCTGAC GTGGTCTGATTCAGAGTTTATGTTTTTTTTTAATATTAAAAAGTTGTATTTTCTGACTAATACTA TTTTTTTTTTTTTTTTAAATGTTTTTAAATGTTTATTAGAGATGCTTATTGTTTAAATTTACAGGTATTGGATGGTAACAAAACTTAAAGGATGATGAAAATTTTTGCATTCATTTAAACTTGGCTAAAGCAGATTTCGTTCAAAGTGGTCTGATTCAGAGTTTATGTTTTTTTTTAATATTAAAAAGTTGTATTTTCTGACTAATACTATCGTCCGTCAACTTAAAATTAAATCGTTTGCGAGCTGCGCCCGCTCACGAATCGTCCTGCATCATGGCGGGCGTGTACGAGTTGACATTCTCGATGGGCGTTTGGAGGATCACTTTCCTGAATATTAGATAGGAGATTCCTCCAAGCAGTATGTAACCGATGCCGACCAGGGAGATGATGGCCCATGCCGGGATAGCCGTACCGCGTTTGTAGGTTCGGGTAATCGTTCGTCGACCACGTAGAATCTTACGCCTGGCTTCCGTTTCCTCCAGGCAAACGCTCAGCACCACAAGAAGTATTGTGAAATAGAAGGCTTTCCTCTTGAGCAGCTGCATTTTCAATCACTTTAATTTATGTTTTTGAATGAACCAATATTTATTCAAATTATCTTAAACAATTCAACCTTTTACGAATTTCGTCGACAGCAACGGAATT 3 2 5' arm Culex_quinquefasciatus mirnest 100 100 -12.4 ..(((.....((((((..((((...(((((((....))))))).))))..)))))).....))). (-12.4)