mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGTGTGTGTGTATGTGTAA AATCGAACAGATACATCAATATT TTGTTTGTAGGTATGTGTGTGTGTATGTGTAATGTGTTTGTTTTTGACCGATTTCGGTGTTGATCTTAGCGTAATTAATCGAACAGATACATCAATATTTTC ACTTGTCGTAAAAAATAACAAGGCATTTTGGAACAACGGCACTCTTGCGCGTGCGGTGTGTGGGTGGCATTGTTATTGTTTTTTTAGGGTTTGTTTTGGTTTGTGGTCTAGCCTCGGGACGGAAAATGAAGCGACAGCTTTTAAAAAGTAGTACGTGTGTTGTTTGTAGGTATGTGTGTGTGTATGTGTAATGTGTTTGTTTTTGACCGATTTCGGTGTTGATCTTAGCGTAATTAATCGAACAGATACATCAATATTTTC 4 2 5' arm Culex_quinquefasciatus mirnest 100 100 -17.4 .........(((((((((((.(((.((..((((.((((....((..((((....))))...))....))))..))))..)).))).))))))..)))))... (-17.4)