mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGCCATGCCTGTCTAGCTAT AGCAGACAATGTGGCGACA GGGCCCCCCCCTAGCAGACAATGTGGCGACAGGAAAGCATAGTGCTTGGGCCTCTTCTATGCCCTTGGCACCCAGATGCAGGTGGATGCACTAGCGCCCACGACTAGCGCCCCGTGGACCGTATTGCAGGTCGCAACCTACCCCTGTGGCCTACCCCTCCCTCGTGAATTTACCGTTGATACGCCGCTTTATACTACCATGGCCGTAGCACGGGGAACAACCCGCATCATCCGTGACACGTGTATGTACATACCTGCCTTGTTACGTCAGGCTCTTCGTCTTATCACAAAGATTACTGTAGTCGCTCACGCACCTTCGAAACATTGAACACTGCACAGACGTCTATCTTATTGTCAGCACCACCAAGCACGCTGTATGCAGTATTCTTCATGCAACCTGCATGCGCCTTGTTGTGCAGCTCCGATTGCTGGGGGGTTCGCACCGCTGTGCCTGTACGTACAGGCGTACAGCCACACGGGTCCCGAACTCCCTACGTTGCCTAGCGCATAAGACGCCTTATACCTGTATGGCGTCCTACCAAGTGACAAGGTCACCCGCCTGGCTGCGTGGCCTGCTGGTGGGATCCAGGCGATGTCTCCACAATGCCATGCCTGTCTAGCTATGGGTTGTGC CCGGGCCCCCCCCTAGCAGACAATGTGGCGACAGGAAAGCATAGTGCTTGGGCCTCTTCTATGCCCTTGGCACCCAGATGCAGGTGGATGCACTAGCGCCCACGACTAGCGCCCCGTGGACCGTATTGCAGGTCGCAACCTACCCCTGTGGCCTACCCCTCCCTCGTGAATTTACCGTTGATACGCCGCTTTATACTACCATGGCCGTAGCACGGGGAACAACCCGCATCATCCGTGACACGTGTATGTACATACCTGCCTTGTTACGTCAGGCTCTTCGTCTTATCACAAAGATTACTGTAGTCGCTCACGCACCTTCGAAACATTGAACACTGCACAGACGTCTATCTTATTGTCAGCACCACCAAGCACGCTGTATGCAGTATTCTTCATGCAACCTGCATGCGCCTTGTTGTGCAGCTCCGATTGCTGGGGGGTTCGCACCGCTGTGCCTGTACGTACAGGCGTACAGCCACACGGGTCCCGAACTCCCTACGTTGCCTAGCGCATAAGACGCCTTATACCTGTATGGCGTCCTACCAAGTGACAAGGTCACCCGCCTGGCTGCGTGGCCTGCTGGTGGGATCCAGGCGATGTCTCCACAATGCCATGCCTGTCTAGCTATGGGTTGTGCGCCCAGGCCGGCATGGGCACAAACACGGAGGTTGAGTGGCGCTGGAAGAAGTGCCACACGCTCACAGTCACCATGTCCTCGGCCAGGATGGGCCACCACTGGTCGCGGATGACCCAGGCGTGTCTCGCCACGCGGCCGCTCGGCGTGTTGTAGTCCATGAAAGGCCAGCGCCGCACGTGCTTCTCCAGCAGCTTGG 3 2 3' arm Chlamydomonas_reinhardtii mirnest 100 100 -187.5 .......(((.(((((((((.(((((((...(((..((((.(((((.((((.........))))..)))))....)))).((((((((((.((.((.(((((..........)))))..)))).))).(((((((.........)))))))(((.........))).)))))))...((((((((........((((((.((((..(((((((((.(((((..((.(((....)))...(((.(((.........((((.(.....).)))).........)))))).((((.(((((((..(((....(((..(((((....)))))...)))...((((..........)))).((........))..)).)..))))))).))))((((((...)))))).))...)))))....)))))..))))((((((((((..(((.((((.((((((((....)))))))).)))))))....))))))))))((((.(((..(((..((.((((((.(((....))).)))))).))....(((((...))))).)))..))).))))))))...))))))......)))).)))))))....)))))))..))))).)))).)))...... (-187.5)