mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGACGTCCCCTTACGGGAAT GCCCGAAGGGGACGTCCACT CACGAGGAAGGAGGACGTCCCCTTACGGGAATATAAATATTAGTGGCAGTGGTACAATAAATAAATTGTATGTAAACCCCTTCGGGCAACTAAAGTTTATCGCAGTATATAAATATCGGCAGTTGTGTGGCAACTGCTCCTAAAATTCATTTGCCCGAAGGGGACGTCCACT TCGGCACGAGGAAGGAGGACGTCCCCTTACGGGAATATAAATATTAGTGGCAGTGGTACAATAAATAAATTGTATGTAAACCCCTTCGGGCAACTAAAGTTTATCGCAGTATATAAATATCGGCAGTTGTGTGGCAACTGCTCCTAAAATTCATTTGCCCGAAGGGGACGTCCACT 4 1 5' arm Chlamydomonas_reinhardtii mirnest 100 cre-MIR1143 3e-18 -53.7 ............((((((((((((.((((...((.(((.((((.((((((.(((((((......)))))))((((((...((.((....)).)))))))).((..(((((((..........))))))))).)))))).)))).))).))...))))))))))))))))... (-53.7)