mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATATATACACACACACACACA TATGTGTGCGTGTGAATGTGA GTATTATTTGTGTATGTGTGCGTGTGAATGTGACTACATTTATATATATATACACACACACACACACTATGTATT AATGTATTCAAAACAAATGCAGATTTTTTTTTGTTTTAGTTTCTGTTTGCCATTGTATTATTTTTTTCCAGCCTGAAACTGCTGAGATCTACCCTGTGCATGTTAATGAGCAGGGTCAAGTGTCGAAGGTTACTGGGTGAAAGTTCATGTTAAATGTGGCCATTTTTGTTTGTATTTGTTTGTTGCAATTATTAAATCTATCTTGTCTGCAGTTACATACCCTGTGTTTGTCTTGTTCTGTTCAAGTATGTTTGTTAACTGTATGTATTATTTGTGTATGTGTGCGTGTGAATGTGACTACATTTATATATATATACACACACACACACACTATGTATTCCCCATGAAAAACTTAAAAAGCAGCCCCTTTGGTTATTTCATTTTGACAGTTTCACTTCGCCCAACCTGTCAAAAATATTTGCGCATATATTTAATTCATGTCCATTTTTATCGCATCCTGCATTTATAAAATTTGTGTTGCCAATTTATTTCGCTCGCATCACATTGTCCTCGCATCGCACTGGGTAACAGGTGTCCTGGCTCAGCCATAGTGGTATCTTTTCTTAATTTCATTACCGAAATGATCTTGCAGACAGAAATGAAGAAGTTAGGCGTTGATGTCTGTGTTTTTGC 3 0 3' arm Saccoglossus_kowalevskii mirnest 100 100 -20.6 ....(((..((((.((((((.(((((.(((((............))))).))))).)))))).))))...))).. (-20.6)