mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCAAATTCAATTTTTATATTT AGAATCAAAATTGGAAATTGC AGCAAATTCAATTTTTATATTTGATAATTTGTGTTTAAGAATCAAAATTGGAAATTGC AGCAAATTCAATTTTTATATTTGATAATTTGTGTTTAAGAATCAAAATTGGAAATTGCATTAGAATTACAACGTTTTATGTGGAAAATGCTTTATACACTTACAAAAAAAAAAAAAAA 4 2 5' arm Saccoglossus_kowalevskii mirnest 100 100 -9.9 .((((.(((((((((.((.((.((((.....)))).))..)).)))))))))..)))) (-9.9)