mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACAAATGCTATTTTTATATCA ATGTAAGAGTCGCATGTTT AATCTATTTGAACAAATGCTATTTTTATATCAATTGGAAGATTGCGAACAGCAATGGTGAAGAACACAAAACGATTTCATGGTGTCAACTCAACAGAGCAAAACTGGATTCCCATCTTCAGCCAAAAATGACCACAGATTCATGTAAGAGTCGCATGTTTACTCAATA GTTTTGAAATGATAGCTTTACTTTATACAATGTTAAAGATACAAAAAAAAAGATGTGCATTAACCGCAATTAAATGGCTCTAGGTAAGCACTCCCTAATATACTCTTGCCTGTGATGCCATCTTGTAGACTTGTCAATAAAATTTCCAAGTCACGATTCTACACAAGCCAATCTATATATCGGGATAAATAAGACATTTGTTTCTGATGCAAGCAAGATGGAAACACTAAAGTACAAGAGAAAGGCACAACCATCAGTCCTTTTACTAGTAAGGCAGCAAACCGCTATTTACACAAAGTACATCACTGTAAGATCAACTTATAATAGCAAAAACACGACATCCTCCCAAAAAGGTTTCTTTAAAAAATCTAATCTATTTGAACAAATGCTATTTTTATATCAATTGGAAGATTGCGAACAGCAATGGTGAAGAACACAAAACGATTTCATGGTGTCAACTCAACAGAGCAAAACTGGATTCCCATCTTCAGCCAAAAATGACCACAGATTCATGTAAGAGTCGCATGTTTACTCAATATTTTTTTCCCCCCAGATCTCCATTAGTGTCATCCATCAACGTCTCAAGTTAC 2 2 5' arm Saccoglossus_kowalevskii mirnest 100 100 -25.4 ........((((((..(((.((((((((((.((((((...(((((.....)))))((((((((.........((..((.((((.....(((....)))....)))))).))...)))))).))........)))...))).)))))))))).)))))))))....... (-25.4)