mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTGTTTTGTTTTTTGTTTTG TGCCATGTAAATGGAACAACAC ATTTCATCAGCATGCCATGTAAATGGAACAACACTCAAAGCAACCTTCAGCATGTCTGGCATAAGAGGGACAGTTACATTCACTCAGTGATTCAAATCTTTTTATATCAGGTCTTTCCTCCCTACTAAGAATATGTTATTTGTTTTTTTGTTGTTTTGTTTTTTGTTTTGCTTCCTGAG GGTGACAGAGGTATTAGCATCCAAGCAGTAAAAATGAAGGGCCTTGATCTTATTTTGGTCATCTTATTAATTTCATCAGCATGCCATGTAAATGGAACAACACTCAAAGCAACCTTCAGCATGTCTGGCATAAGAGGGACAGTTACATTCACTCAGTGATTCAAATCTTTTTATATCAGGTCTTTCCTCCCTACTAAGAATATGTTATTTGTTTTTTTGTTGTTTTGTTTTTTGTTTTGCTTCCTGAGGTCTCCCCACAGAGTCAAGTATCGGGTTCTGTTACTGAGATCATCTTCTCGCACTCTCTTGTTATTTTCTTCTTAATATTGAATTATGAAAATTGAGGAGCCTTTTTTCGCCAATAAATATTGTTCAGGTCCACTTTTACTCATCTATCCTCTCCTCACTTTTGAATAATAAACACAGGCTCAATTCCAGACCTATTTACCTATTTACACCCATTTACGTAAACAGGTCAAAATGATTAGAACTATGAACTATTAGTATGAGCTTAATGCCCTCATTCTGGTTAATTAAGAT 5 1 3' arm Nematostella_vectensis mirnest 100 100 -32.6 ...(((..((((...((...(((((((((((((...(((((((.....(((((((((((.(((((((((..((((((.........))))))....))))))))).)))).((((...........)))))))))))..)))))))..)))))))))))))..))...))))...))). (-32.6)