mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCATCATCATCATCATCA GTTACGGTTATGGTTATGGTT AACAGCTTCACTTAACCTCAATCATCATCATCATCATCATCATAATCAATCACAGGATAGTGATAACGACAATGGTTATGGTTACGGTTATGGTTATGGTTATGGTTATTCTCCGGTGA ATTTCTCTTTCTGTTGATAATTCTGCTTTCGGCTCTGTCTTTTGTGATTTTACTGGGTACGTTTGTTTCTAATTCAGTGAGATTTTATTGGGTACGTTTGTTTTATTGAATATGGTTGAGCGAATCGAAGTTACAAACGAGAGGTCGAAGGATGATGATGAGCTTGAAATGTTGTTGGATGAGATCCCTCATGCAACAGCTTCACTTAACCTCAATCATCATCATCATCATCATCATAATCAATCACAGGATAGTGATAACGACAATGGTTATGGTTACGGTTATGGTTATGGTTATGGTTATTCTCCGGTGATGTATGGTATGTATCATGATAACCTCCAATCAAACGCCTGTTTTTCGAGTTTTTTCGATGATCCAACCCGCAAATCGCCCATGTCTTTCAAAAGTTACAGCTCGATTTTGCCCACGAATTCGAGCAATTTCAGCAAACCCTTTTCTGATTGTGGTGTAATTCAGTCAAGTTGTTCTAGAAATCCTGTTTTTAGTGGTAAAACGAGTCCGATTTTTGGTTATGGCTTCACTGATGTCCAAATTCCCGAGAATGTGTCAAATGTTCTGTATCCCGTAAGTTACCCGAGTCGGGATCCAGCTTCGGATTTTGCTGTTTCTAGTAATTTTAATCGCGTGCGACGAAATGGAGTGTTAGAAGGTAGTGATGATGGTTTGATCATTCAAGGTGAAAGTGTGAATCATGTGCGAAATGGAGGTTTTAAAGGGCAAAATAAGAAGGGTGATCATTCGCAGATCACGGGTGCTTTTGAAAATGGTAGATTTTCTA 5 0 5' arm Helianthus_ciliaris mirnest 100 100 -27.4 .......((((((((((..((((((.(((((.(((...(((((((((((((((......)))))........))))))))))...))).))))).))))))..)))))......))))) (-27.4)