mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATTCATTTGCATGCATTTGC AAATGCATGTTAAATGAATCAA TATCCGTTTACCGTGTTGATACAAATGCATGTTAAATGAATCAAGCCGATTGTTTCATCTTCATTTGCATGTATGAGGTACGGCTCATGGATAATACGACGTTTGANACTTAGGCTAAGTCCATGAGCCGTATTNCATGCAAATACATTCATATGAAGATAAAACAATCGACTCGATTCATTTGCATGCATTTGCATTGNATACGGCTCATGAA AGAGAAGTGATTTTAATCACTTCAGGAATCAAAATAAAAGGTTTTAAAGTGACAAGAGATCTGCAAGGCCCCGGCCAAAATCTCATATTTCTTTGGCGTCTGACGGCCACATGTCGACGGTTACATGAATAACCATATACTCGCATTAGATCTAAGGACGTTGATCACAGTTAACTCTCGCTACGGACACCCTCAGGACTGAATTGGTGAATGCCCTTATAGCGAGAGTCCGTATTAACAGGAAACATTTTTCAGTCATTTCTTTGTGTTTTGGTCTCTTTGGGGATTGTATTTCTGTACGTAATAGCTTGGTGTGCGTAAGGCGAGAGTTTACTGTACGCGGAAGCTGTATTAGGCTTATTTCCACTAGCGGAGGAAGGGGACGGAGAGAAATGCGGAGAGAAAGGCCTTACGCGTGTCATTCATAGAACTATCCAAGAAACAACTATCGTGTGCGCAGTAACACGCTTATAACACGCTTATAACACGCAGGTTAAAACACGGAAATCGCGTTTATTAGGCTAAGTCGTATTATCCGTTTACCGTGTTGATACAAATGCATGTTAAATGAATCAAGCCGATTGTTTCATCTTCATTTGCATGTATGAGGTACGGCTCATGGATAATACGACGTTTGANACTTAGGCTAAGTCCATGAGCCGTATTNCATGCAAATACATTCATATGAAGATAAAACAATCGACTCGATTCATTTGCATGCATTTGCATTGNATACGGCTCATGAAGAAACG 1 1 3' arm Nematostella_vectensis mirnest 100 nve-mir-2049 2e-22 -82.8 ..........((((((.(((.(((((((((((.(((((((((.((.(((((((((.((((((((.((.(((((((.((((((((((((((((........((((((...))))))...)))))))))))))))).))......))))).)).)))))))).))))))))).)).)))))))))))))))))))).)))..))))))........ (-82.8)