mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAATGATTGGTTTAGTTTTA CAATTAAACCAGATTTTGC AAGAAACAACAACAATTAAACCAGATTTTGCCTTTAAGTGGTATTAAATGATTGGTTTAGTTTTAAGAGAGATG TGATAGGGTAATAGTGAATGCAGTAAGTTTTTCTAGGGCAATGTATTTCTTGTTATACCATTCTTTATTTTGTCTCAATTATTACTTCATTATAGCTGACATGTACAGGCTTATTTACTGCACTTTCAAGGTCATAGGTTTAAATCATGACAAACATTTAATTAACAGGATCCTATCGCTATAGATTATATGGGAATTAAGCTGTCATTAGAGTTGCATTATGCAGCAATGGCACAAAAATGACAAGACATATTTAACGTGGATACTCTACTATAGAAACCGAGGAGTGGTAAGAGCTATGGCCACATTCGGGTAATACCTACCACAAACAACATACAAATAACAGCTCCATTACAGACTATAACAGTAACATGCGATAGCAGAAGCAACAGCAACAAAACCTAGATCTCTGAAGGGATCACAGTAAAGGGTAAAGTACCTTTGAGGAACACCCTTTAAATGACAAAACACAATACAAACACAAAGCGATTGTATGACAATGACAACAACAGCAAGAAACAACAACAATTAAACCAGATTTTGCCTTTAAGTGGTATTAAATGATTGGTTTAGTTTTAAGAGAGATGGACAGCCTTTAACAAACAAACAAACATTTAAAAGCAAATTTTAAGTTATTGAATATAAAAGATAACTAACAATGACAGCAGCGAAAAGCAGCAGCAGCAGCAACAAGAGCAATACACAATCTATATTTTTGTCCTTGATGGGATAAATTATAAGGTTAAGTATGTAGAATTTTTATTATGGAAAAGTCGGGCAAAAATAAGAACATCACCACTAGCCAGCTCCCCAGATAGCATTTATAACTTGATTCTTGACGCCACAGAAGAAATAAAAAAAGAAGAACAAGAAATGTTTCTCCTAGTTTGAGGTTCAATGTATCTCACTTGGAGTTAACACATACAGTGCAAAAGTACAAATCACAAAACAAAACAACAAATGACAAGGACATAGATGATGATGATGATAACAGCGACAGATAACAGACAGACAAAAAGATGATGATGATATGATGATGATGATAAAGTTACTTTCCTTGTTTGAGCCACAAGTTGACTCACTCGGAAGTTGCTCCGGGAGTGCACCACATGCACTTCAAACCACGGACAACATTGTTTGACAGAGACAATGACAACAAGGATGATGATGATGAAGATGATGATGAAGATGATAATGAATTTGCTCTCCTTGTTTGAGGTCTTTATCTCACTTGGAAGCAACAACCCTAGTGCTAATTATGCACCAGCAGTACGCCAAACAATAACAGACATATTACTGTTATATATATTATAAATAACAGCAGACATATTAC 4 2 3' arm Nematostella_vectensis mirnest 100 100 -11.5 .............(((((((((((((((((((.......))))..))))..)))))))))))............ (-11.5)