mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAACGCACGCAAATGAAGAA ATTCATTTGCATGCATTTGCA TTGTCTAATGCTAAGTTCAAACGTCGTATTATCCATGAGCCGTATTCAATGCAAACGCACGCAAATGAAGAAGAAACAATCGACTCGATTCATTTGCATGCATTTGCATTGAATACGGCTAATGGATAATACGACGTTTGAACCAAGCCTAACTTG TTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAATTTAAAAGAATTTCTTTATTCTTTTATCACGTCTAAGAACAACAAAGTAAAACCGCGACCTTGCAGTCAGTAACAAGGCATAGCCGACTTAAATCCCGACTTAATTGGGTTGGACAGGCTAATATCCTTTATCACAATGAACTAAAATTAGAAAAAAAAACCTTAAATTATTTGTAAATTGGTATACCAGGGCAAACATCATCCAGGAAAGCAGCTCCCCGATGCTGCTGGACCCCTTCTCATTATTGGGCAGATTCCGCCCTTTTCAAACTAGGCATTACCGCGAGAAATGTTGGGTGGGTTAAATTCCATATTTCAGTATCACAGTAAAAGAAGAGTAAGAGTTTGGATAATGCTAATCTTCACGCACCAGGTTCGCGAGAGGTGGTTTCTGGCGCACTAGCAAGATTGAGAATAACTTACGAATTCATATCACTAGAGTATAAAAATGTTTAATATAATATAAGCTTTTTGTCTAATGCTAAGTTCAAACGTCGTATTATCCATGAGCCGTATTCAATGCAAACGCACGCAAATGAAGAAGAAACAATCGACTCGATTCATTTGCATGCATTTGCATTGAATACGGCTAATGGATAATACGACGTTTGAACCAAGCCTAACTTGTGAACTATGAGCTATTGTCATAAAAATGCTGTTATCAGTTCGGGTGCTGCTATTATGAGGGACTAAAAAATACGAACACGGTAACAAGAATGGTGACGGTAGAGAGATGGAGTTTCAAAACGTTTAAACATCGCACGTTGAAGTGCGTTGTGTCAAATATGTT 5 0 5' arm Nematostella_vectensis mirnest 100 nve-mir-2049 1e-35 -80.5 .........(((..((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((.(((.(((((((((...((..........))..))))))))).))).)))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))..)))........ (-80.5)