mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATTCATTTGCATGCATTTGC AAATGCATGCAAATGAAGATA CGCATTTTTGGCGTTTCAGGCTTAGTTCAAACGTCGTATTGTCCATGAGCCGTGTTCAGTGCAAATGCATGCAAATGAAGATAAAACAATCGACTCGATTCATTTGCATGCATTTGCATGGAGTGCGGCTCATGGATGGTGCGACGTTTGAACTTAGCCTCAGAAACATAGTTTAA GTCCCACCAATACAAGGTACCCTGGTAGTGTTGCTGGGTGATGCGCTCGAGTGCTTGACAAACGGACTCTACCGAGCTCCAGTTCACCGAGTAAAGAACTCGCCACAACACAGCCGCTACTCAATCACCTACTTCTTCCAACCTAACATCAACGCTGTAATCCAGCCTCTTGACGTTCCGAAAATACGGAATCGGGAATACAAGCCTACGAGGGAAAACGCTACGGCGATGCCATTTCATTATGGATACCATCTGCAAATGCGTTACGCGCAATCCTTCGGCAAAGGGAACCAAGCTATTGAAGAAAATGCTGATAAGTAATTTAATGACATGACAAGTGCTCAATGGGAAGTGATTGAGTCACTTACAGGGCAGCTATAGGGCTTTTTAATTATCGATCTTTTATAAATTTGCGCGGGTTAAATTGACTTTCTTTTTATCTTTGTTCTTAGGCGTCATGCATATGTCAACTTTTCTGTGTTTTTTTTTTTTTTACCAGTTCTGTTGTGCACCAAACCCCGGCCCAAGGGATTCCAACCTATTATTTGGTCATGCAAAGGTGCGCAAGACATGTCTCACAAATTCGATGAAATTGCCTCCTTGTTTCTTAATCAAAACTTTCGCATTTTTGGCGTTTCAGGCTTAGTTCAAACGTCGTATTGTCCATGAGCCGTGTTCAGTGCAAATGCATGCAAATGAAGATAAAACAATCGACTCGATTCATTTGCATGCATTTGCATGGAGTGCGGCTCATGGATGGTGCGACGTTTGAACTTAGCCTCAGAAACATAGTTTAACAGCTCCGTTCAAAATGATAGCATATCAATTCCAAGGTATTATCCATCTATTCGTTTGGACACGATACGGGGACGTGGCTGTTTACTGTCTT 2 0 3' arm Nematostella_vectensis mirnest 100 nve-mir-2049 2e-25 -94.7 .((.......))((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((...................))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))..)))))......... (-94.7)