mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTTGTGTGTGTATGTGTGTG TACGCAGCTGCTAATAGATAT ATTTAGTGTTCCAGCGAGCGTGTTTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTATACGCAGCTGCTAATAGATATACTGCTGGGATGTCTATC CCCACGCGTCCGGGTAGAGATGGTACAATACTAGGGCTTTCTAATCGAGAGGCGAGTTTATTTCCGCCCGCGTCGAAAGCAACACCAGATAACCAGTCAAAAGCAGCATAACAATAGCCGACAAAACAGTGATGCGGCGTCGTAACTGTGAAAGTGTGCGGGCGTGTGTAAAGGCCAAGAGAAGCAAGATCGCTAGGAATGGATTTAATTATGAAGGAAACAAAATAATACCAGCTAAGTTTTTGGATTAATTATATTTAAAACAAAAGTCGTCAAAATCGAAACCGGAAGAGTCGAGAAGGAAATATAAAACAAGAAAAAATATGAAAAATGCATAAACAAAGCCGAGCATTCATTTAGTGTTCCAGCGAGCGTGTTTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTATACGCAGCTGCTAATAGATATACTGCTGGGATGTCTATCACCGAATGATTCCGTTCATGAAGTGATAAAACCACGAAAGAATGATGGGGGAGCACATGTTGCAAATAATCATGTACCTTTGCTTGCGCTCGTTTCCATGGCGGTGTGATGGTGGCGGATGTAATCTTTTGGACGCGTTGTTAAAATGATGATTTTAAAACCAATCGTTCCGAAGATTTAATCGTACCGTTTTTTCGGATAAAAAAC 4 0 5' arm Anopheles_gambiae mirnest 100 100 -27.1 ...((((((((((((.((.((((((((..(((..((((((((......))))))))..)))..)))))))).))))))))))).))).. (-27.1)