mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGTGTGTGTGTATGTCTCC ATCGTGTACACGGACATTATG GAATGGGATCGTGTACACGGACATTATGAATCGGAAAAGCCTAACCTGCACCTGCTGGCAAGCGGTCAATGCTAAGAGTGGGCGCATTCAGCTATCGTTTGCCAGCAAATAAATCGGCCACTTGTTAAGCATGTGTTTTGTTTGTATGTGTGTGTGTATGTCTCCCTTA GGGTGCGTCGGATTGGCCGCCCCACAGCTTGGCCTATCGTTGCGCGCCTTCGTGATGGAGTTTAAGGACGAGCTGCGGGACCAGTACACCAAGGCGGACTACAAGCTGCGCGAGATGGAACCATTGCCATTGACGATTCTTCTCAACCCCGAACTGAAAGTGCTCAACTACGAAAAGGTGATACACACGGAGGCGTGCGAAAGTGTGCGCGGCTATCGGGCGGACGTGCCCCGGTACCGGGAGATACTGCTGCAGGGCTTCGATGCCACCGGCAACCGGCAAGAGCTGCGACTGAGCGGCTGGAATGCCCGCATTGCCCAGCACGAGATGGACCATCTGAATGGGATCGTGTACACGGACATTATGAATCGGAAAAGCCTAACCTGCACCTGCTGGCAAGCGGTCAATGCTAAGAGTGGGCGCATTCAGCTATCGTTTGCCAGCAAATAAATCGGCCACTTGTTAAGCATGTGTTTTGTTTGTATGTGTGTGTGTATGTCTCCCTTAAA 2 2 3' arm Anopheles_gambiae mirnest 100 100 -48.4 ....((((.((((((((((.((((.(((((.(((((..(((...........((((((((((((((....(((..(((((....)))))))).))))))))))))))........)))(((.(((...))).))))))))))))))))).))))))))))..))))... (-48.4)