mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACACACATACACACACACGC TGTATGTGTGTATGAGTGTTGT GATTTGCGAGGCTGTATGTGTGTATGAGTGTTGTGTTCATTGTGCGATAGCTATTTTAAACAGTCCCAGGCTAAACAAACACCAGCGAAGAGAAGACAGTGAAATCCTACTAAAAAGCACCGATTCACACACACACATACACACACACGCACTCATCAT GTTTAAAAAGGAAACAATAAAACGAAACACGTGCACCTCCAGGCACGCAGATACACGCATGGCGCTTTAAAGAGAGGGGAGGAAAGCCAATTTTTGACAGAAAAATAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAACGAAGACAACAACCTAAAAGTAGTGAATTGCGCTGGCAATTCGCAAAACAGATAGATACTAGTCTTGTCTAGCGTTTGAAAAAAGAACGCAAAAAAAAACACACACACACACACACACACTTCCCCCGGTGTTTGAACATTTCACATTTGATCCTTCTACTTGTCTGCAACCCAGCATGCGTGTGTATGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTAGATTTGCGAGGCTGTATGTGTGTATGAGTGTTGTGTTCATTGTGCGATAGCTATTTTAAACAGTCCCAGGCTAAACAAACACCAGCGAAGAGAAGACAGTGAAATCCTACTAAAAAGCACCGATTCACACACACACATACACACACACGCACTCATCATGTTAAAAATTTCGATTTTTTCTTTCCTCCTTTACGTACGAAATTCAAATTGCCGAAAGTCCTCCAGGCTGTTTGGTGACTAGAACACTGGATTGGAAGCAAAAAAAAAAAAACAAAAACAAAACGAACTGTTCGAAATGCAAATAGTAAACACGGACGACAACTACTAAT 3 1 3' arm Anopheles_gambiae mirnest 100 100 -37.1 .......(((((.((.((((((((((.((((((((.((...((((..(((....(((..((.(((....(((...........)))........))).)).))).....)))....)))).))..)))).)))).)))))))))).)))).)))..... (-37.1)