mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACGAGACGAATCTTTTGAGC TCAAAAGATTCGTTTCACGGT GGAGCATTAAATATAGATAAAAAAAACTAATTGGACAGTTATGATGGAAATCACGAGACGAATCTTTTGAGCCTAATTAGTCCATGATTAGCCATAAGTGCTACAGTAACCCACATGTGCTAATGGTGGATTAATTAGTCTCAAAAGATTCGTTTCACGGTTTCCAGGCGAGTTATGAAATTAGTTTTTTAATTTGTGTTCG GGCTCAGATCTCACTTAGGTGGATCTACGAGCAAGGAGCAAGCATGGTGACCACGAGTACGAAAAGGGAGAGGCTTAAGGAGAACATCGATATCTTCGATTGGCAATTGAGCGATGAAGATCGGCTCAAGATAAGTCAGATTCCACAGCACAAGACGGTCAGCGTGCTGTCGATCCTCTGCCCCGATGGTGTCTCCAGCGTTGAGTTGTCGGAGGTTGACGTTGTTGAAGTGTAGCGGTCGTTTTCGCGTTCCTGTTCACAGTAAACTGAACATTTAGGGCATGTTTAGTTCCCAAAAAGTTTTTCTCAAAAAAATCACATCGAATCCTTGTAGACATGTATGGAGCATTAAATATAGATAAAAAAAACTAATTGGACAGTTATGATGGAAATCACGAGACGAATCTTTTGAGCCTAATTAGTCCATGATTAGCCATAAGTGCTACAGTAACCCACATGTGCTAATGGTGGATTAATTAGTCTCAAAAGATTCGTTTCACGGTTTCCAGGCGAGTTATGAAATTAGTTTTTTAATTTGTGTTCG 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR2124a 0.0000000007 -69 .........(((((((((..((((((((((((.(((.(((....((((((((..(((((((((((((((((.(((((((((((((.((((((.(((.(((...........))).))))))))).))))))))))))).)))))))))))))))))..)))))))))))..)))....)))))))))))).))))))))).. (-69)