mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACCCGTAGAACCGAACTTGT GGGTTCGCTTTTAAGGGTACC CGGACAATTTTTGCGAGAAGGAACCCGTAGAACCGAACTTGTGTTTGTTTTTGTCACGGGTTCGCTTTTAAGGGTACCTTCTTTCGAAAAATTAGC GGGGCCCTGTTTCGCTGAACTTGGGTGCAATCGCATCGGTGCATTTGTGCATCGCAGTCGGTTGCATAAAAATCGCCTAAATGTCGCTGGAAACCGGGAGATTTTTCCAATTTTAAGTCTAGGATCCAATTTTAATTCTGTTGATGGGACGTGTACAAAATGGCGCGGACGTAACAAAATTATCAGTTGTTTTGCAATGGCACTCTCGGTTTTGGTGTGAGTAGTCGGTTTTGTGATTCATTTCCATGGATTACGTGCTTTCCCAATGGATGTTTCCATAGTTCGCCGACCATCCGCTTCTACCGACGTCCCAAGACAATCACTGCAAGGCCCCCCAGTTCTTCTGTTACAGGGTTTCGCGAACATCTAAGCAGCCTGGCCAAATGGCGGACAATTTTTGCGAGAAGGAACCCGTAGAACCGAACTTGTGTTTGTTTTTGTCACGGGTTCGCTTTTAAGGGTACCTTCTTTCGAAAAATTAGCTGGTTTTATTCGAAAAATCCGAAGGCAAATGGGACGTGCGAGGGAGCGAAGGAAGGAGTGTTCCCGACAGCAGCACATAGAAGAGCTTTGAAGAGAAGCGCTCAGGCCCATAATGCATCTTTTAAAAATTCACCCAATATGAAGAAAAAAATTCTTATTTAGTTAAGCAGAAACTTTGTCAATGTGTTCGAAAGTGAAAACTTTTTCAGTGCAAACTATGTGCGAAGAGCAAATTGCAATTCAAATTCAAACATTTAGATTCGAATTACAAGAACATTTTATAGAAGCGAACATTAAATAATGACCAATTAATAAAATGTTAAATAACTTCACTGAAAAAAAAAAAAAAAA 3 0 5' arm Dendroctonus_ponderosae mirnest 100 cte-mir-100 0.000005 -36 .......((((((.(((((((.((((.(((((.((((((((((..(......).)))))))))).))))).)))).))))))).))))))...... (-36)