mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGTGCCTTTGGACAAGATA TTTGTGCTGATGGTTCATACT ACCTCCTTGCATATGTGCCTTTGGACAAGATAACAATTCTATTATTGTTGTTTGTGCTGATGGTTCATACTACAAATTT GGGGAACATTTCGCAGGAAACAATACAATAAAGTTAAAAAATTGCTTATTATTTATTTACCTTCTCATGTAGATGCTACGTCAACTTTAGCACAAAGAATTGTACAAGTCTGCATTTTTACGTAAAGCGCGATATAAAAGTTCAGTCCTCCTTTTCATGTGGACCTATTTTAGATTGAACATCAATTAATATTAACTTATAGATCTGGCTAACACATAGAGGTCCCCTATGGATATAGCTGCACATGAAGCCAACATTAGCTGCATTTCCCTGAACTTGCAAGGCACTCGATTGGCTACTGCTAGTGAAAAAGGGACTTTGATTCGAATTTTTGATTCAGCATCTGGTGAAAAACTTCATGAACTTCGTAGAGGTGCACATCAAGCAAATATCTACTGTATAAATTTCAACAGTTCATCCACGCTTCTTTGTGTGTCCTCTGATCATGGCACGATTCACATTTTTGCCCTCGCCGACTTGAAGCCGAATAAACAGTCAAGTTTAGCGAATACCATGTTCTTGCCCAAGTATTTTTCGTCCACGTGGTCTTTCTGCAAGTTTACTGTTCCAAGTGGACCTCCTTGCATATGTGCCTTTGGACAAGATAACAATTCTATTATTGTTGTTTGTGCTGATGGTTCATACTACAAATTTGCCTTCAATTTTAAAGGCGAATGCGTGAGAGAACATTGTGCTCAATTTTTGGAATTAACAGGTGATAATTTGTAATTGGGGGATACTAATGATTGAAGTGAATATATTTTGCTCTTTCTATATCTGTTCTTGTGATTAAATTAGATACCTTCGTAGCAAAGGTAATACAACGTATTGAGAGTCTGCTATTAGAATGTAAGTAAAAATTATTATGTACTGTTTCACAATTTTGTATTTAATAAGGAAAGAAAAGAACATTGCGTAATTATCAAGCCATGCTTTCATGCCGAATCATCTATCATGGGTGATGCCAATTCTGACTGAATTGACACCAGGCTGATAGATGATTCGACATGATAGATGTTTGCATGACTGAGAAAATGTTAAGATAAATTCACAATC 5 0 5' arm Dendroctonus_ponderosae mirnest 100 100 -16.2 ...........((((.(((.((((...((((((((((......))))))))))...)))).))).)))).......... (-16.2)