mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCTCTAGAACCGAATTTGTC CAAATTCGGATCTACAGGGT CCCACACGAACCTCTCTAGAACCGAATTTGTCTTGTGATGCAACTACAAATTCGGATCTACAGGGTAGATGTAG GTATGTGTGCGTGGAGAAATTGCAAAAGTCAAGTTTATTTGTTGGATAGCGTTATCTGTCAACATGGGAAAACGGTTGTATGAAATATTCGTTCAAAAATTTGAAATATTCTTTCTTAAAATTTAATTGCATAAGTGTTTTAAAAGTGATGGTGGTGCATTTGCGAGATGATAAAAAACGTAGTTTTAGCATGTAGCTGTTTATGCCCCACACGAACCTCTCTAGAACCGAATTTGTCTTGTGATGCAACTACAAATTCGGATCTACAGGGTAGATGTAGAGCATGATGAACTGTCACGCTGTGATGATGATTTCAAATCTCTTATCAGTATTCGCTCAGACAATTTTTCGTTCAATTCAAATTGTCATACAGTCGATCGAATCCCAGTTGCGTCAAATCAGACCGGAAACGTGATGCATCGCGTCTAGACGGACACCTAAATCAAAAATGAGAAAGGGAAAGGGAAACAAATCAGATGTCAATATCCATTTGCGAAAACATTTACAAGTCTGACGTGAAGGTTATTTTTTTTTTTAACCGATATTGTACCTTTTGGTTTTTCCTTTTTTTATTTATTTTACCTTCCGTTTTCCCGGGATTCTTCCTTTTTTTAAAAAAATCTTTATTCACTTAAAATTCGATTGAGTTAGAAATGTTGC 3 1 5' arm Daphnia_pulex mirnest mir-10 0.00000000002 dpu-mir-10 1e-36 -22.5 .....(((.(((.((.((((.((((((((((.((((...))))..)))))))))).)))).)))))...))).. (-22.5)