mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTTGTGTGTGTATGTGTGTG TACCGTTTAACAAATGAACAA TAAGTGTTTGTGTTTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTAGCTCTGGATGGTTAGTAGTTGCATATACCGTTTAACAAATGAACAACAGCAGCA GTTCCAAGATTTATTCTTTTTTGGTGGATTATTTTATCTCTAAGAAGCAAAACAGCAAATTCTCTAGTGCATCATATTATTCAGTGTCTGTGTATATAAGTGTTTGTGTTTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTAGCTCTGGATGGTTAGTAGTTGCATATACCGTTTAACAAATGAACAACAGCAGCAGAGTCAATATTTAAGCTATTTTAGCGTAGTAGCGCTTCCACCCATAATTTTTTTTTGAAAAAAAGGAATAATAAAAGAAACAACGAATCGTCATCAAGTTGATATTACATTGCATGCATTATATAACCGGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGGCGGATATATAATAGTTAAAAGAGGGAAGCTAAAAAACAACCAAAGGAAGAAAACATTTTTGTTTTTAAAAAGTTTCGGTGAGCTAATCAGAATCTCTTTGTCACGGAATAAAAATGAAAAAACAAAAACAAGGAAAAATTGTCAAAGAATATTTCAAAAAGAGTTCAACAAAATGGCAGTGACGAAATAGAAGAAATTCCAAGAAAAAAAAAAGAACTCGTTTGTTATTTTGTGGTAAGATATTACATCATGAACTTTTTTCTAATAGAGC 3 2 5' arm Daphnia_pulex mirnest 100 100 -26.5 ....((((..(((((((.(((..(((.((((((((((((((((....)))).)))))))))))))))...))).)))))))..))))... (-26.5)