mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTCGTTTGTTTTGTTTGTTTG TGACTGAGACGACGACGACGA CGATTGTCGCCAGTGTCCAGTGTCGTTTGTTTTGTTTGTTTGTTTTTTTCTGTGTGTTCGTGTCGTGATTGTGTGAGACCCCGTGAGAGCCGAGACGAAACGCCTCTCGCCGTTCTTCTTCTTCTTCTTCTGCACGCCCCCGAAATGGCATTGAAAATTGCCTGACTGAGACGACGACGACGACGGGAAACGGAGAGAAGA GCCGCTTCAGTCTCAGTTGGTCCGTTCAGCCGCCACCACCTACTTTTCAAACGCGCAAAGTCGCACCGTTTCCTTTTTTTTTTTTTCACTCAACACTTGCACTCACTACACGTCCGTACTTGTGTTTGTGTTAGTGTCTTACGTGTCAGTGTCTATTCTAAGAGAGAAAACAAACAAAAACGAATTGATTGTTGACCAAGAAAATTTGATTTGCGCGTCAGGTGGTGAACGTGTCCAGGAAAAAAATTTAAATACACAGGCAGAGCACCGGAAGAAGAAGAGAAGAAATTGGTTTGTCTATTTTTGTGGACGGTCGTCGATTGTCGCCAGTGTCCAGTGTCGTTTGTTTTGTTTGTTTGTTTTTTTCTGTGTGTTCGTGTCGTGATTGTGTGAGACCCCGTGAGAGCCGAGACGAAACGCCTCTCGCCGTTCTTCTTCTTCTTCTTCTGCACGCCCCCGAAATGGCATTGAAAATTGCCTGACTGAGACGACGACGACGACGGGAAACGGAGAGAAGAAAATTCAGTTATTAATAACGCGGATAGAGAGACGAGGAAAAAGAATAGGCGGAAAACGAGGAGAAGGAAAGGTAAAATTAAACCAACGCCCACCTTTCGTTTTCTTCCAACTTTTTTTCATTTATTTTTT 4 2 5' arm Daphnia_pulex mirnest 100 100 -45.6 ......((.((.((.(((..((((((((((((((.(((...((..(((((...((((.(((.(((.....((((((((......(((((..((((.(((..((.....))..))).)))).)))))..))).)))))...))).))))))).)))))..)).))).)))))))..)))))))...))).))))...))... (-45.6)