mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTCTGTGTGGTTGTGTGTGTG CAACACACCATCACCAGACGA TTGTTCTTTGAGTGAGTGAGTGTCTGTGTGGTTGTGTGTGTGTACACATTAAGTGTGTGAGTGAGTGTGTAAAAGGCCTTTTTGATTCAGAAAGAAGATCGGGGTTGGCGAGAGAGCCCACCGAGTGACATCATCATCCAATTACACAACACACCATCACCAGACGAAAACCCATTGGAAATCCC AGTCGCGCCGTTGATTTGATTGGTTTGATTGTTATTGCGTCATCTATTAGATATCCTGACGTCATTCAAAGTGGCTGTGTCGATAGTTTGATTCAATCAACTCGTCGCATTTTGATGACTTCAAAACGGTTCAGTGTCTTTTGTGTGTGACCCGGGAGGACCAATTTCAAGACTTTGTGTTTGATTTTCAAATTGTCCCGCGCTTCAGACGACAGAAAAAAACAAAAAGTTTGGTTGTTCTTTGAGTGAGTGAGTGTCTGTGTGGTTGTGTGTGTGTACACATTAAGTGTGTGAGTGAGTGTGTAAAAGGCCTTTTTGATTCAGAAAGAAGATCGGGGTTGGCGAGAGAGCCCACCGAGTGACATCATCATCCAATTACACAACACACCATCACCAGACGAAAACCCATTGGAAATCCCTCCCACCTCTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTGGAACCGGCCCCTGCCGAAAGAATAATACAACAAAAAAAAAGGTGAGTCAAAACCTGACGTGTCTGAACCGAACCGATAAACGCAATTTCGTATTCATTTGATATTTGGCGCGCGTGTCTGCGCTTTCAAAAAGAAAAGAACAAAAAGCACAGCAGTGGCGCAATTTTGAAATTAATTTTTTTCTTTTCTTTTTTAAAGACAGTTGGCCAATCAAAAAATAAATAAAAATCTGAATTACAAATTGGAAC 1 2 5' arm Daphnia_pulex mirnest 100 100 -47.8 ...((((...((((.((...((((((.(((((.((((((((((((((((...)))))((.((((..((((....((.((((((........)))))).))..(((.(((......))).))).....))))..)))).))..))))).)))))).)))))))))))...)).))))))))..... (-47.8)