mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGGGTACATTTTGCAGAAA TCTAATGATGATCCAGT GATTGGGTACATTTTGCAGAAAAATCAATGTTGTATTTCTTTTTCACTTTATTTACATCACATTTACACTTCTTTGCCATTACAATTTTCCTTTATTTCATGTTGTTTTGAGCCTTTTCTAGCTCATGAAGAAGATCATAAAACTGTTTAAGTGATAATTCCATCACCGTTGTTTCTAATGATGATCCAGT GATTGGGTACATTTTGCAGAAAAATCAATGTTGTATTTCTTTTTCACTTTATTTACATCACATTTACACTTCTTTGCCATTACAATTTTCCTTTATTTCATGTTGTTTTGAGCCTTTTCTAGCTCATGAAGAAGATCATAAAACTGTTTAAGTGATAATTCCATCACCGTTGTTTCTAATGATGATCCAGTATTTAGCTTCATTTTGATTCTGACATATGTTTGACCTACTTGTTCCTCACAGCTAGAAGCAGCAGTCACTCCGAGTTCCCACGCCAAATCAACCAACTGGAAATTCTTCGTCATTTCAATTTTTCATACACTTGTCTATAGGTACCAAACAGGCAATATGATGAGAAAGTCGTAAGTTTTTCTACAAATATCCTGTAAGTTTTCCTCTGACAAGTTTTTTATATTTGTGACATTCGGC 3 2 5' arm Daphnia_pulex mirnest 100 100 -27.5 .(((((((.((((....(((((...(((((.((.......((.((((((.....(((...........((((((((..(..(((((...............)))))..)((((........)))).))))))))..........)))..)))))).))......)).))))))))))...))))))))))) (-27.5)