mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGACGGAGAACTGATAAGGG CTTATCATTCACCAGTCCGGT ATGACTTGGCCTTATCATTCACCAGTCCGGTTAGATTTTTTGGAAAGTTCCTTTTTCTTGGTTGCACGCAAGATTTAGTTGAACACCCTACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCGTGTCT TTATGGTAATATTTTTTAAATGTTTTAGTTGTTGTTTATTTTCTGTGATTTCTATTTGTGTGCGGGATGATGGGGGGGGGGAGACCGGATACGACGTTAGTCGGAAAATGCCAACTGCTAATTGGTTTAATTCCCTTCTCTCACTCCCTCCGTGCAGCATCCGATAACAAATCATTTTCTTTTCCATTTTAGCTTTTTCCTTTTCCAAATTTCGTTAGTTAATTCTCAGACCGTCAGTGCAACATCCGTTTTGTGTGTGTTTTTTTTCTTTTTCTTCTGTTGTTGCAGGGGCATCAAATATATAGGAGGTATTTCGACACCGGAAGCTGAAGGAGCATCACGTATCATCTCTCGCTGTGGAGAAAATGGTTCAATGACTTGGCCTTATCATTCACCAGTCCGGTTAGATTTTTTGGAAAGTTCCTTTTTCTTGGTTGCACGCAAGATTTAGTTGAACACCCTACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCGTGTCTTGCAACACAATCGACGAATTCTTTTTTTTGACAACCAACAAAACTGTATAGAGTGATATAATATTCTTTCGTTCTTAATCATTGACAAAATGTGTATAACTTTGTGGCTTCTTTTGTTTCGCTTGTTTGTTACGTATCCGATGGCGTTATTCAATACACATTCTCAAAAACG 2 2 3' arm Daphnia_pulex mirnest mir-184 0.000002 bmo-mir-184 0.00000009 -32.5 ..(((.((.(((((((((((.((.(((((((..........((...((((..((.(((((((...)).)))))...))..))))..)).))))))))).))).)))))))).)).))). (-32.5)