mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAGTGTGGCTAGCTGGTTG GCCACTATCCAAACTGTCCA GCAAAAAGTGTATTGATGGTTGGCAGTGTGGCTAGCTGGTTGTGAAATATTTAATTGAATCCACAGCCACTATCCAAACTGTCCACTGTCGATGACACGATAT ACAGTCGAGTCTTCGCTTCTCATTGAGCCACAAGTGTCTTGATGCAAGTACAAATTGTTTGGGCAAAAAGTGTATTGATGGTTGGCAGTGTGGCTAGCTGGTTGTGAAATATTTAATTGAATCCACAGCCACTATCCAAACTGTCCACTGTCGATGACACGATATTCGACCAAACTACTAATGATCATGTGTGCCCTTAATTATCTGCCTATGCGTCGTACGGAGGATTGCTGATGCGTTTGCAGGGAGATGCCAACAATCTTCACGGATTCGAAGTCGATCAACAAATCTACCTGTTGATTAAGAAACTTGCGTTTTAAAAAGTGGTATGCAAACTTATAAATTACAAGTTTGGGATACGAATGAATGTACTTCATTATTTCTTCGAATACACTTGGATTTTTTTGCAAAANAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 1 5' arm Daphnia_pulex mirnest mir-449 0.0003 dpu-mir-34 2e-45 -36.9 .......(((((((((((((.((((((.(((.(((.((((((((....((((....)))).))))))))))).))).)))))).))))))))).))))..... (-36.9)