mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGTTTTGTTTTTTGTTTTT GATGAGCAAAAGGCAAAAATCTTA GACCTTGTTTTATTGTTTTGTTTTTTGTTTTTTTCCCTGAGATACATAAAAATATAAACATTTTTTCATGGATCATTCTTACAGAGATGATGAGCAAAAGGCAAAAATCTTATAAGAAAT TTACCTTTGATATAAAGTTTATTTGGTTTGTTAGTCTTTAATATATTTCGACAAAACTGATATAATTTTTCCCCCGTCTGTCTTAACGAGTATGCAATTTCAGAATATATTTGCCATGTCTATAAAGGATTCTATGTTATAATTGAACCATTGTATATGTCATTTTAGAATATACACATAACAGGGTATTTGTTACATACAATTACAGCGTAATGTGCCTTAAAGATTATTTAGAACACAATTAGGAAGTTGATGCTGTATGGACGTAAGTGTAGTACGCTTGACGTATCTAGAGTGTATTTTATATGATGTTCTATTGAACTACCTTCAAAATAAAATGTCACTCCATCATAAGTTTCAATTAAGTTCGGATCTTCCGTACAATTCCATTGATTCCATATGGACCTTGTTTTATTGTTTTGTTTTTTGTTTTTTTCCCTGAGATACATAAAAATATAAACATTTTTTCATGGATCATTCTTACAGAGATGATGAGCAAAAGGCAAAAATCTTATAAGAAATACTGTTTTCTGTTGTGCCAATATTTATTGATATATTATGTAATGATTTAGGGTTTTTATCCTATTTTATAATTGTTGTTTTTTAAAGATTTTTCGTCAAGGAAAACTCATATTATTAATTTAATAATGTGTAGAGGAATCGTGGTCGTGTGGACACGTCGCCGGACCACATGGTACGTGGTT 5 0 5' arm Strongylocentrotus_purpuratus mirnest 100 100 -22 ...(((((.......(((((((((((((((.((((..(((((..(((.((((.((....)).)))).)))......)))))..))))....))))))))))))))).....))))).... (-22)