mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCATCATCATCATCTTGT AGGATGTTGTATGATGATGATG CTTTCCCTTCATCATCATCATCATCATCTTGTAAATGGTATTCATTATGGTATGGATAATGCCTCTGTTGTTAATAGGATGTTGTATGATGATGATGTTTCATGT GCAATGAAGAGAGATGAGTGAGAGTCTGTTCCTCTCTCCAGCTTTTATGGCGTGAGACCTTACCAGTAAGCCAGTGTGTACACTACACTACACCATCACCTATACATACACTTTCTGTATCAAATCTTCTTCTTTGCATGTCTCACCAACCTCATTCCCGAAGATCCATTTCCCAAAAACCCAAAATGAAATTTTGATCATCACCCTCATCATCATTTCATCTCCAAATCAAAACCCACATCTTCAATCTGAATCTTGATGGCAAAAAAAAAGGGGGTAATTCATATGGGTTTTCTGTTTCTTGATCATTTTCTTGATGTGGGTGCTTTAAATGTTTAATCTTTATTTTGTTATTTTCAAGGTTTCTTGATTCCCCTGTTTCTTGTTAATTATCTTGTTGATGATGGTTAAGAACATGAAGGAGGATGATGAACTTGAAATGTTGTTGGGTGAGATCCCACATGCAACATCACTTTCCCTTCATCATCATCATCATCATCTTGTAAATGGTATTCATTATGGTATGGATAATGCCTCTGTTGTTAATAGGATGTTGTATGATGATGATGTTTCATGTGGTTACAGTCAACATACATATGATGAAAATTTTATTCATCAGTTTGGTAGAATGTGTATTAATCAGGATCAAAATCAGGGTTTAGTTTCTCATAATCAAATCAATCCAACTTTGTTTGGGGATTTTCATTATCTTGAAGCTAACCCTCATTTTTCAAGAATTCCTATGAA 1 1 5' arm Helianthus_exilis mirnest 100 100 -28.5 .........((((((((((((((.((((((((.((((.....((....(((((.....)))))..)).)))).)))))))).)).))))))))))))........ (-28.5)