mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATATATACATGCACACATAC ATGCGTTCAAGTATATATATA TCACTTTGTGAAATGCGTTCAAGTATATATATATATGTATATATACATGCACACATACCTTTAAAGA GATACTGCGACGGTCCGATTCCGGGTCGACCCACGCGTCCGAGTGTTCACTTTGTGAAATGCGTTCAAGTATATATATATATGTATATATACATGCACACATACCTTTAAAGATAAGACTTGCAACAGATTCAGGAAACAAAAAAGAGCAACCTATTATGTGTGTTGCAAATATAAACTCTTATATATTCATCTTTATACATGTATGTTTGGCTATAGGGTAGTTTTTTTTCTCTCACTTTTTATCTTTTGCAAACTGTATTGAGTACCGGTAGGCATATATTCATAGGTTTAATGGTGCAGTTGTTGACATGCTAGATGTTCATTCAAGAGAGAGTAAGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGAGTGAGTGAGAGAGAGATGAATAGAATGATGGATAATAGATTTTGAAATATTGGCTCATATATTTCACATTGTTTCAAATTGTAAATAGCCGGTATAGTAATGTGAGCGGGGAATGAATATGGTCATTGTAATGACATGGCCATTTCACAGTGATTACAATTTCTACATTACCACCTTGGGGAAAAGGAATAGCTTGATGGTGATGTACTGATAACAAAAAATACTTGGTGAAATACTTTTATAAACCCAAATTATTTGTTTAAAATTTGCTAAAATGTTACTGATATTGTAAACAAACTTCACCTCTGAATTTTGTATTACCTTCTCAATTACCTGGTTAATGCTAATTATAACACCTCTCGAAATAGATTCATAAAACTCTACATTCTTCTCTAAGATAGGGTTCGAAAACATATCATATCTAACTCAAATGGCAAACTGGATTATACGATCTGCAAATATAAGTTTTTATGATCTTTAATATGACTGTCAAAATTATTAGTTACTATAGATACATCAAATGCATATTGTCTCATCCCTCCCAATTTTTAACTCTAAAACAAATCACTTTACCATTATATATAGTGAATCTTACTATACACAAACCTTTATGACTATGAATTATTTAATATTAACATAAATATTTATTCTATATTATTTAATTATAAAGTAGCGATATGATATAATTTATCATTATCTTAAACCCAAACACAATATCCACACTCTTTACAAATTCTTTCTTAACTATACAGTAACTCTGTCATATTATCATTTTTTTTT 5 0 3' arm Strongylocentrotus_purpuratus mirnest 100 100 -14.5 ((((...)))).(((.((.((.((((((((((....)))))))))).)).)).)))........... (-14.5)