mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGATGATTTATATTTACAGT TGTAGAAAAGTTAGCTTAC AATTGTAGAAAAGTTAGCTTACTTTGTTTTAAAAGTAATTATTCTATTAATCATGTAAAAGAAAGAAACATTTTGTGCAAGGAATAATATCTATGTTCGAACATGTATGAGGAAGTTACACAAAAAAAGTTTTTTCTTCAGAAAGATGATTTATATTTACAGT GCACGCGTCCGATTTTAATGAGGTAATACATACAATGCAAGTCAATGAATACCTGGTGCTTACTAATGCATGGAGAGAGTGTAATCATGTAAATAATTAAGAATTCAAATGTTTGTCTTTGAGAAGGACTGTTACATTCAAGTAAGTTCCCACCAAAAATCAACTTGCCAATAAAAAATATAGAAAGAAGTGAACTTTTGAAGAAACAAACTTAGAAGGGGAAAAAAACTTGTGTAGATCGAACAAATATTGCTGCATAATGTTCGTCTGTGTCTGAAGAATTGTGTATTGATTTCACATAGTACTTCAATGTAACATAAGTTATAGGAACTTTTCATAGATCAAAATGTAGGGAAATCTATGTGCAAGTTTGAGGAGGTTCTTTTGTGACATATTGCACAGGCTTACATTGAACGTGTGTAGCCAAGTGCAAATTGAAAGTTTCATACAGCTCACAGAAATTAAAATATAGAAGAATTATAAGTATGAAAGTGAGATTTACCTTTGTAAATGTAGAGATATTTTGTAACCAAAGACAAACAGTTCTCTAGAAATTGTAGAAAAGTTAGCTTACTTTGTTTTAAAAGTAATTATTCTATTAATCATGTAAAAGAAAGAAACATTTTGTGCAAGGAATAATATCTATGTTCGAACATGTATGAGGAAGTTACACAAAAAAAGTTTTTTCTTCAGAAAGATGATTTATATTTACAGTA 2 2 3' arm Strongylocentrotus_purpuratus mirnest 100 100 -28.9 .((((((((.((((((.((((((((......)))))..((.((((.(((......))).)))).)).((((((((.(((.(((......))).))).)))).)))).((((((((..((.........))..))))))))..))).))))))...)))))))) (-28.9)