mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTTGTTATTTGTCATTGAA AAGTGACGCCAGCGGAGACA AGGAGCCGGGAAGTGACGCCAGCGGAGACAGCGACGATAGCTCGGACGAGGAGTAGGTGGATCTGGGCCCCATTTCACAAAACTTGTCATCAATAACAAGTTAGAAGCTACTGTTATAAGCTACTGAAATCATGGCTTCTGATTGGTTATCAGCAGATTTGTCACTGATTTTTGTTATTTGTCATTGAAAAAAAGG AGAGAAGTCCATCGAGAGTATCTTTGACGTAATGGAGATGGAGGATGAGGAGAGACATGAACTCCTCCAGATGACCGACGCCCAGATGGCTGATGTTGCTAGATTCTGCAACCGCTATCCCAACATTGAGCTGATGTATGACGTGCAGGAGAAGGACGGCTTGGAAAGTGGCTCACCTGTGGTCATCATGGTGTCGTTGGAGAGAGAAGATGAGATCACTGGACCTGTCGTAGCTCCTCTCTTCCCTCAGAAACGAGAGGAGGGTTGGTGGGTGGTCATCGGTGACACCAAGACAAACAGTCTCATTTCCATCAAGCGTTTGACCCTTCAACACAAGGCCAAGGTCAAGCTGGACTTTGTAGCTCCATCCCCTGGCAGTCATCACTACACCATCTACTTCATGAGTGATGCTTACATGGGATGCGATCAGGAATACCAGTTCGACATCGATGTCAAGGAGCCGGGAAGTGACGCCAGCGGAGACAGCGACGATAGCTCGGACGAGGAGTAGGTGGATCTGGGCCCCATTTCACAAAACTTGTCATCAATAACAAGTTAGAAGCTACTGTTATAAGCTACTGAAATCATGGCTTCTGATTGGTTATCAGCAGATTTGTCACTGATTTTTGTTATTTGTCATTGAAAAAAAGGCT 5 1 3' arm Strongylocentrotus_purpuratus mirnest 100 100 -45.4 ...........(((((((..(((((((((((.(((((..(((..((((((......(((((..(((...))).)))))....))))))....(((((.((((((((((((..(((.((......)).)))..)))))))))))).))))).)))....))))).))).))))))))...))))))).......... (-45.4)