mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAAGTAATTGTTGTTTTGGT TATAATAACAATTGCTATAAA TCAATTGAAGAAAAAGTAATTGTTGTTTTGGTTTAAGTCATAGACCTTTTCAAACTATAATAACAATTGCTATAAATGCATTGC TACCCATTTAAAGCCTGGGTGAAGAGTGGCAAGTGTAGATCGATGTCTTGCCAAAGGACATTAGTGCCGCGGTGAGACTTAAACCGCCGACCCTGTGATCCACAGTCTGGTGACATATCCACTCAACCACAACATATGCTTAGTGGTGACAATGCAGGATTTAAGCTCTCTGGACTGTCCTGGTAGACTGATTATTATAGGCCCTAGCCTGCAGCTAGCTTCTAGAGTGTTTCAATTGAAGAAAAAGTAATTGTTGTTTTGGTTTAAGTCATAGACCTTTTCAAACTATAATAACAATTGCTATAAATGCATTGCCTAGAGAGAAAAGATTGTGAGGTAGAATTGTGTTTCAACCCGTGATGCTATAACTGTATTTGCAAGTACTCAACTAAATCTGTACAAAAGTACTACGTGCCAAACTAAATAGTGCCATATTTTTTGCCTTTTTGAAAAC 4 0 5' arm Strongylocentrotus_purpuratus mirnest 100 100 -17.3 ((....))......(((((((((((((.((((((..(((...)))......)))))).)))))))))))))............. (-17.3)