mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGGGTTTGAGATAATTGGG TTCTTGTCAGATCCATCGG CGGGTCTGGTCTGGAGCTGATTGTGGGTTTGAGATAATTGGGCACAGGCTTCTCAGCTGTCTTCTTGTCAGATCCATCGGCTTCTGATGATGGTGCAG CGGGTTCCTCAGGCTGTACAACCTCATCTTTATCTTCTTCTTTCGGCTCAGAAACTTGTACATCGGTCTCGACCTTGACAATCTCCTCCTCATCCTTATGTTCAGGCGCAGGAGGAGAAGAAGATTCCGGGGTAATCTCTTTTTTACCCAAAGGTTTCTTTGGAACATTCTCAGAACCTTCCTTTTTGCTCTTGGAAGAACTACCACCGCTCAGACCGATCTTCTTCACCCCTAGAGATCCTCTTGAAGCCACAGGAGCCGACTTCACCGTGCTGCCTCCTCTACCGCCTCTGCTGCTGCTTCCATGGAAAGATGAAGAGCGCAGACCAGTGGCAGGCTTCTCTCTCGGAACCACGGGTCTGTCACGTGAGCGTGCAGGAGAGGTGTTGAGAGACTTATTATGGGATGACGGAGTTGATGAAGTCAAAGACGAAGGAGGACGATCAAAGGAACGTCTACGAAGAAGCTTGTCTTCGGCAGCGCTGTTCTTCTTCAAAAACTTGACCGGGTCTGGTCTGGAGCTGATTGTGGGTTTGAGATAATTGGGCACAGGCTTCTCAGCTGTCTTCTTGTCAGATCCATCGGCTTCTGATGATGGTGCAGGCTTTGGCTTTCTGCCAAGAGATCTTGATCTGTTTAGGTTTGGGTTGTCTGGTTTCGTTTTCGTTGTACCAGAGCTCGTTGCCATTATTCAATAATTAACTAAATGACCTGAGAAAATGTAATATTTCAAAACATTATCAAATAGGTAGCAGCAATGCTTAAGAC 4 2 5' arm Brassica_oleracea mirnest 100 100 -27.7 ...(((..(((.((((((((...(((((((((..(((..((((...((((....))))))))..)))))))))))))))))))).))))))....... (-27.7)