mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCGTATGAGGAGCCATGCATA TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA GCATATGTGTAGTTGTATAAGATGTGTATGCCTGGCTCCCTGTATGCCATCCTCTAAGCTCATCGACCATTGATGACCTCCGTGAATGGCGTATGAGGAGCCATGCATATTTTCATATACATTTACATACGTTT TCTCGATCTATGCTTTAGATTGCTTCTATTCCTTCATATTTATTACTTATTGTTTATGCATGTCCAGGTGTAGATCTAGATAACTTACCGTAAATAGATCCAGGTTTGGGAAATTAGTTTCAATACATAATAGCATTTATATGCATCAGGCCACATACATAGATGCATATGTGTAGTTGTATAAGATGTGTATGCCTGGCTCCCTGTATGCCATCCTCTAAGCTCATCGACCATTGATGACCTCCGTGAATGGCGTATGAGGAGCCATGCATATTTTCATATACATTTACATACGTTTTCTAGCTATTTTATGGTACCAGTTAAAGTTCCTACACCATTCTAATTATGTTATGGTACCCGTTAAATTGTGTTGAGCTTGTTATCCATCATGTGTGGAAGATTAGAAGGTACTTCACTAAACCATATACATATGCTTCTTCCTGTGGTCTCCAAAAGATTTTACTGATAGATATTTTGTTGAGCTCTGATTCCGTTCTTGTCTTTCGTTTCGTATTTTTCCAGTACAATTTTATGTCATGTCGTCACAGCACTTCTTACGAGGACTCCTGCGTTCACATCGACGTAGCTCCTTGTTTTTTTCTATAGGAAATGGTTAATTATTTCGATAGCTGATTATTACATTCCCGTACGGTTCAGATTCTTTTGTATCGTTTCAATCATATCGATCTTATAAATTTGTTTGTATATGTATATAACTTGTGAGCTCCCCTTATAATTTGTTCTTTTTTTGTTCTTGTAAATCCTTATATTAAAAATTGTGTTATCAATCGCACAACTGTCTACACA 2 0 3' arm Brassica_oleracea mirnest mir-160 4e-20 bra-MIR160a 6e-68 -52.1 .....(((((((.((((((.((...((((((.(((((((.((((((((((..((..((.(((((((...))))))).))....)))))))))))).))))))).))))))..)).)))))).)))))))..... (-52.1)