mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCC AATGTTGTCTGGCTCGAGA TTCTTTTGTGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGACCACAAGAAAGCTTCAATCTTTATGATCTTTATGTTACATAATCACATAATTGATCAATCTTTGTTGATCAATGATTAAAGATTCTAATCTTGTGTTGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCATGTGT ATATCCAGGAAGATCTTTCTTTTGTGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGACCACAAGAAAGCTTCAATCTTTATGATCTTTATGTTACATAATCACATAATTGATCAATCTTTGTTGATCAATGATTAAAGATTCTAATCTTGTGTTGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCATGTGTTCTTCCTTAAATTTCAAGAAAGTTTGGATCTTTCTGCACTAGCACACTTTGTTTCATCAACAAGATTCAAAATTGTTAGGTGGGTGTATTCAAGTTTCAATCTTTTTACAGTTTTGATAAAGATCTTGTGATTTTTGTGTTTCTTGTGAGCAGAATTTGGATAGATGATGAAGAAGAAGTTGGTGGATTCAAGATTGTTAGGTGGATGTATTCAAGTTTCAATCTTTATAAAATTTTGATTAACATTTTGTGATTTTTGTATTGTGAAGATAATTTGGATAGATGAAGAAGATAACCACCGATGAGCGATGGGTGGTGGTCCATTGGCAAAGGCAAAACCTTTAAACACCTTAGGAGGATGTCTCAGGTTCAAATCCCACAGACGACAGGAATAAAAGAAATTTGCCGTTAAAAAAAATGAAGAAGAAGATTGGGGTAATGATGAGTTCTATGAATCTAACAAAATTCCAGAAACAGGATGCTAAGGTTTTTGTTTTTAATCATTGCTACTCTAAACCATGATGAAATTAAT 3 0 3' arm Helianthus_paradoxus mirnest mir-166 0.0000006 ctr-MIR166 0.000000008 -48.2 ......((.((((((((..((((((.((((...(((((((.......((((((((..(((.((((((.........))))))(((((((((....))))))))).)))))))))))....)))))))...)))).))))))..)))))))).))..... (-48.2)