mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCATCAATTGAAT TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAC ATTACAGAGATAGAATCACCGTGGGGCTCGGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGACTGATATGCTGACACAACCACTGGTGCTTTTGCCTTATTGGTTTGTGAGCAGGTATTGGCTCCCGCCTTGCATCAATTGAATCGGAGCCTCCAATGGTGAAACGAATCCAAT GGAGAAAAAGAAAAGAACAGAAACACTCTGTTGCCTCAGAACGCCGTTACACAAACCTCTCTCTCTTCATCCTTCTTCGTACTCTTATCTCTCTCTGTCTTCGCTTTCTGTTATTACAGAGATAGAATCACCGTGGGGCTCGGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGACTGATATGCTGACACAACCACTGGTGCTTTTGCCTTATTGGTTTGTGAGCAGGTATTGGCTCCCGCCTTGCATCAATTGAATCGGAGCCTCCAATGGTGAAACGAATCCAATTAGATCTGGAACTTATGTATATATATATATATATACTCTTCTCATCTCTTCTTTTGTCTTCTCTTGATTTCTAACTTATATTATAAGATCAAAACTAGAAATTGAGGATTAAAGAGTGTGTTTCTTTGAATCTTAAAATCATGTTGTTGGCAAATAAAAAGTTATCTAATTTTGTTTGGTTTTAAGCTATTGTGTTCCATGAGATTCAGGATCACCGGATTAAATCCTAAAAGGTAATTTGGTTTATGCAAATCTTTTGGCTTTGTTTATTGTTGACTTTAAGTTAAAATCATTAATAAAACGTGTGTTGATGATAATTGAGGAAACGTATGGTTCAAACTCTGTCTTGTTGTCAGTCCCTGAAGTTTCACATTCAAGCTCAACCCAAACCTCTATATAGAAACATATGGTCACAGTTTCTGATTTTGTTTAGTACAGTAGGTCTGGTTATATATATATATATATATATATATATATATATGAAACTGCTTCATTCTTTGATTTTCACATTTCCACATCCAGCAATATATGATGAAGAAAAGAAAAATATAAAGATTTTTGTTACATCAGTA 2 0 3' arm Brassica_oleracea mirnest MIR168 1e-29 ath-MIR168a 1e-16 -67 ...............((((((((((((((.((((((.((((((((((.(((((((((((((((.(((.(((((.(((.((....)).))).)))))))).))))..)))))).))))).)))))))))).)))))).)))))))..)))))))............ (-67)