mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTTCTCATCGATGGTCTAGA TAGACCATTTGTGAGAAGGGA TGTCTTTCATGTCTAGACCATTTGTGAGAAGGGATTTTTTGTTTGCACCGTTCACCCCACTTTCAATCTGTAGTGAGTATTAAGGAAAATAGCTTGTTCAACATATCACACTACTCTTTTAGAAACAATACTATATTTTAGATGCTTTTCCAGCTTGATATACGTTGTTTTGTTATGTATATCTGTATTATCCCGGCTACCAAAACGTTAAGAAATAAGGTGAACATCCTAAAACCTGCATCCAATTAGAAAGGTCTAGGTCACAGATATTACTTGTTATCTCTTGATTAAGCTATTTTATTTCTATCAGCATGATCAGATCATTCAGGAGTTAAGTATAAACTAAAATACATTAAGTCCATTCATGACATTTCTGGATGCTGCATACATAATATTTTCCTTGTTTTTGGACTATGCCACACTTCGGACAGACATTTTGCCTAAGAGATGTCAAACCTCTGTCTGGAGTGTTAGAGGTATTTCATGATAGCTAAGAACTTGAATCTTGCACTACTTAGCTACACTAGATTACTTCATAGTAAATAACTTGGGGAGTGGGGGAAGGTGCTGGGTTATTATTCCCTTCTCATCGATGGTCTAGATGTGCGAGGT TCTAAAAATTCATATGCCTTTGTTTATGCAGTGCTACATTATAGATTTGGGGGCTGCCGTGGTTGACTAAACTGAAGACTGGCGCAGGTTCCCTCGAGTTGTCTTTCATGTCTAGACCATTTGTGAGAAGGGATTTTTTGTTTGCACCGTTCACCCCACTTTCAATCTGTAGTGAGTATTAAGGAAAATAGCTTGTTCAACATATCACACTACTCTTTTAGAAACAATACTATATTTTAGATGCTTTTCCAGCTTGATATACGTTGTTTTGTTATGTATATCTGTATTATCCCGGCTACCAAAACGTTAAGAAATAAGGTGAACATCCTAAAACCTGCATCCAATTAGAAAGGTCTAGGTCACAGATATTACTTGTTATCTCTTGATTAAGCTATTTTATTTCTATCAGCATGATCAGATCATTCAGGAGTTAAGTATAAACTAAAATACATTAAGTCCATTCATGACATTTCTGGATGCTGCATACATAATATTTTCCTTGTTTTTGGACTATGCCACACTTCGGACAGACATTTTGCCTAAGAGATGTCAAACCTCTGTCTGGAGTGTTAGAGGTATTTCATGATAGCTAAGAACTTGAATCTTGCACTACTTAGCTACACTAGATTACTTCATAGTAAATAACTTGGGGAGTGGGGGAAGGTGCTGGGTTATTATTCCCTTCTCATCGATGGTCTAGATGTGCGAGGTGACACTCATTGAGGTAAAAGAGATACGGTGACTGTGGGAAGCATTCACCATAATGGTATTTCTTAAAAAGGTTAGAGATTTTCAACTTGTGACATTATCGTAATATTGCTTGATTTTGAATCAGTGATCTGCTAATGCAACACTTGTGATACTTCCGAGTATAGCTATGTGAAGTTTTTTTCTTCAGGTTTGAGTACACCACACCATTATTCAAACTAAACGTAAACGATGAATACAGAAGCATGTAGCAATAACTCTGTTGTCAGGTCCTTTGCAAAAACTGAAGAAGTGCAAGAGCTAAGGAAGTCAGAAAAAAAAAGCAAAGTGTTTATCGATGAAAGAGCAAACTGACTTTTTGACTTTGTCACTAGTTCTCTCATTATCCTTTTCTAGCTGGAAGATAAAATTTTGCTTGTACATTGATACGTAATATTACTTGGTAGATTCTAACT 1 0 3' arm Brassica_oleracea mirnest MIR824 0 bol-MIR824 0 -156.3 ..((((.(((((((((((((((.(((((((((((..........(((((.(((.((((((((((....(((((((((...((((((((((((((((.((((...((.(((.(((.......((((((((..((((((......(((.....)))..)))))).)))))))).....)))(((((((.....((.((..(((......((((......((((............))))........))))...))))).))..))))))).....))).))...)))).))))))))).((((..(((((((((..(((((((((...(((.((((((((........)))).)))).)))....))))....))))))))))).)))...))))..)))))))..)))..))))))..((((((((((((((((((((......)))))))).......))))))))))))..((((((..((.((.((((((((..................))))))))))...)).))))))..(((.....)))..))))))))))))))))))...........))))))))))).))))))))))))))).)))). (-156.3)