mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTTTGTTTGGTTTTGTTTCT AAATTCAACCCAAAATGGACCCA AGGAAATTCAACCCAAAATGGACCCAAAAGAGCTGGGAATTTTAAAAAAGTAAAATTTCTTTTGAAACACAAATCCCTGGCAATTTTCTTGAAATGGTTCCCACGGGCAAAAAAAACCACCTGGTAACTTAAAATTGGGGGAACTTTTTGGAACCCCCCCCTTGCCCTGGGGCCGGGCTCACCCCCGGGTTTGTTTGGTTTTGTTTCT AAAAGCTGGGTACGCGTAAGCTTGGGCCCCTCGAGGGATACTCTAGAGCGGCCGCCCTTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATATTTTTTTCTCTTCGGTGATAACATTTTATTGTATAAAACATAAACAATACAATCACGTAACATTCCATGTGGCCCAATCCTCCATTTACGTAAAATTGAATTTTACAACACAAAAAAAAAAACCCCCAGCAGATTTTGGAACGAAATGAGCACTTTCATTAAAAATATGCACAAAAATACAATAAAATTATGCACAGTTTGTGGATTTCTACCCCTATGAAACGTCAAAAAATGTGTCCCTTTTCGTAAAGGAAATTCAACCCAAAATGGACCCAAAAGAGCTGGGAATTTTAAAAAAGTAAAATTTCTTTTGAAACACAAATCCCTGGCAATTTTCTTGAAATGGTTCCCACGGGCAAAAAAAACCACCTGGTAACTTAAAATTGGGGGAACTTTTTGGAACCCCCCCCTTGCCCTGGGGCCGGGCTCACCCCCGGGTTTGTTTGGTTTTGTTTCTT 2 2 3' arm Petromyzon_marinus mirnest 100 100 -52.2 .((((((..((((..((((((((((....(((((((((((((((......))))))))))((((.....))))((((.(((((..((((.(((..(((((((.(((.........(((....))).........))).)))))))))).))))........)))))..))))...)))))......))))))))))))))..)))))) (-52.2)