mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACCTTTTACCATTACCCCAT CAGGTAAGGTAAAAGGTTAA TTTACCCTTCAGCAGGTAAGGTAAAAGGTTAAAAGCAACGAGCCTACCTTTACCCTACCTTTTACCATTACCCCATACAAATTAC CGACCCACGCGTCCGCCCACGCCTCTTCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGATTTAACGCACAGCATCTAGTGTATGGCTATTAGGGTTCTATTGCGCATTATCAAGGCTAGCCCCGTAGCCTTAACCCACCACATCCTCCAACCCTTACCCCTAACCCTAACACACTCTAGGGCAGTGGCTCCCAATTTTTTCTGGACCCACGTGCATCCGTCAACCCTCAACAGATGTTCGCGGAGCACCGTGTGGTGTTTTGTGAGAAGAAACAATCTGAATATGCAGCAGTTGGGCGGATCATTTCCCGCACAGCCTTGCGAACTCCAGATTGGGAACCGCTGTTGGAGGGTATCGGCTTTGTGAATCTGCAAATGCATTCGATGAGGTAATTCTTCGTTGTAGTGGCCATACAGGTGGTTAAACAGGTGTGCTGGTTCTGCATTTGTATGTGAACTGGTATATTACCATGTATATGCTCAGCTGGCATGCAAGACAGTGGGCAAAAGGGTAACGCTCATCATCAGTCGCCTTTCATGACCGTCTCGACCCGTGTTTCTCAGCTCCTGCTAGGCCTCGGCAAGGTAAGGTAAAAGGTTAAAAACAACGAGCCTACCTTTACCCTACCTTTTACCTTACCACGATACAATCACTCTACCCTACTTTTTACCCTTCAGCAGGTAAGGTAAAAGGTTAAAAGCAACGAGCCTACCTTTACCCTACCTTTTACCATTACCCCATACAAATTACCCGA 5 1 3' arm Petromyzon_marinus mirnest 100 100 -16.1 ..............(((((((((((((((..((((............)))).....)))))))))).)))))............. (-16.1)